事业单位分类是规范事业单位管理、深化事业单位改革的基础工作。分类科学与否，关系到事业单位分类改革进程快慢，决定着事业单位分类改革成败。
在目前我国的改革实践中，对事业单位分类主要采用行业分类法、经费分类法、行政隶属分类法、行政级别分类法、性质分类法、功能分类法等①。其中，普遍使用的类别划分是行业分类法、经费分类法和功能分类法。
第一，行业分类法。即根据国家的行业标准，主要依据事业单位的属性进行分类。如把事业单位大致分为教育、科研、勘察设计、勘探、文化、卫生、体育、新闻出版、农林牧水、交通、气象、地震、海洋、环保、测绘、信息咨询、标准计量、知识产权、进出口商检、城市公用、物资仓储、社会福利、经济监督、机关后勤及其他25个行业类别。在过去很长的一段时间，我国事业单位改革即按此思路进行。
第二，经费分类法。即依据经费来源的方式，把事业单位分为全额拨款事业单位（没有稳定的经常性收入或收入较少，各项支出全部或主要靠国家预算拨款的单位）、差额拨款事业单位（有一定数量稳定的经常性收入，但还不足以抵补本单位的经常性支出，支大于收的差额需国家预算拨款补助的单位）和自收自支事业单位（有稳定的经常性收入，可以抵补本单位的经常性支出的单位）。这一方法便于政府对事业单位实施有效的财务管理，但在实际操作过程中容易出现一些问题：如全额拨款事业单位因缺乏激励导致效率低下；自收自支事业单位凭借其自身优势盲目逐利，过分关注经济效率，损害社会公众的利益。
第三，功能分类法。即按照事业单位的功能进行分类。这一分类法在地方实践中出现了不同的划分方式，如三分法、四分法、五分法。相比行业分类法和经费分类法，功能分类法对于事业单位的分类改革实效更为突出，意义更为重大。
明确的功能划分是对事业单位进行科学管理的前提。在使用这一方法时，需要依循事业单位的综合属性进一步区分与精细化。2011年3月出台的《中共中央国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》，将事业单位分为承担行政职能的、从事公益服务的和从事生产经营活动的三个大类。在细分从事公益服务的事业单位时，根据职责任务、服务对象和资源配置方式等情况，将从事公益服务的事业单位分为两类：一是承担义务教育、基础性科研、公共文化、公共卫生及基层的基本医疗服务等基本公益服务，不能或不宜由市场配置资源的，划入公益一类；承担高等教育、非营利医疗等公益服务，可部分实现由市场配置资源的，划入公益二类。