根据《中共中央、国务院关于上海市人民政府机构改革方案的通知》的规定，设置上海市人民政府机关事务管理局，为市政府直属机构，主管全市机关事务工作。根据《上海市人民政府机关事务管理局职能配置、内设机构和人员编制规定》，上海市人民政府机关事务管理局承担以下管理职能：
（1）负责实施对本市机关事务工作的宏观管理；结合本市实际，研究制定本市机关事务工作的规章制度并组织实施。
（2）研究拟定本市机关后勤体制改革的政策和办法并组织实施；负责市级机关各部门机关服务中心设置和委托服务的社会服务单位资格的审核工作。
（3）根据财政预算，对市级机关、民主党派、人民团体的行政经费和日常预算执行进行管理；负责市政府办公厅等部门日常行政经费的财务管理和全市性重要会议及重大活动的经费保障。
（4）根据市国资委的授权，负责市级机关国有资产的监督管理。
（5）负责市级机关房地产和基本建设的管理工作；研究拟定有关规章制度并组织实施；负责市级机关行政用房的基建计划、投资控制、建设改造、物业维修、经费、产权和使用调配的统一管理工作；核定市级机关和区县级行政用房建设标准；审核房屋修缮项目和经费。
（6）组织实施市级机关住房制度改革；负责市级机关公务员住房补贴经费的管理工作；管理和调配部分领导干部住房。
（7）负责全市机关和事业单位的公务车辆管理，审批汽车的编制、配备、更新、报废事项；负责市级机关公务车辆的交通安全管理、车辆牌证管理以及定点维修；负责保障市政府领导和市政府办公厅等部门日常公务用车。
（8）负责市人大常委会、市政府机关办公场所的行政事务管理、环境秩序管理、生活及会议服务、来宾接待和安全保卫工作；负责有关重要会议和重大活动的后勤保障及政务礼仪接待工作；承办中央指定的家庭在沪国家领导人的生活服务事宜。
（9）负责市级机关及其所属事业单位后勤岗位培训、考试和工人技术等级考核及技师评聘工作。
（10）按照有关法规，负责市级领导机关人防工程设施的维护管理工作；做好所管人防设施使用的保障工作。
上述职能主要覆盖中共上海市委、市人大常委会、市政府、市政协等四大机关和市级机关各委、办、局，以及市级民主党派、人民团体机关，部分还延伸到区（县）机关和事业单位，如公务车辆编制管理职能覆盖到全市所有行政机关和处级以上事业单位；行政用房建设标准和领导干部住房补贴经费标准的审核职能覆盖到区（县）级机关等。
值得提出的是，市级机关事务管理职能在近年来政府职能转变的进程中，也发生了一定程度的变化，有的得到强化，有的发生转化，有的逐步弱化。
强化的职能主要有：市级机关办公用房的管理，由过去多头分散管理逐步转变到由机关事务管理部门实施集中统一管理；市级机关国有资产的管理职能逐步加强；机关事务管理部门增加了对机关集中办公场所服务质量监督管理的职能等。
转化的职能主要有：公务车辆的定点维修、机关办公场所的生活及会议服务、政务礼仪接待工作等服务性职能转由后勤服务企业承担，并实行社会化、契约化管理；市级机关及其所属事业单位后勤岗位培训、考试和工人技术等级考核及技师评聘工作的职能转变为组织实施机关事务管理任职资格考试。
弱化的职能主要有：建设、管理和调配机关干部住房的职能随着机关住房制度改革的推进而逐步弱化，其中，建设机关干部住房的职能已经消失，目前只管理和调配数量极少的部级干部住房。此外，主要是负责公务员住房补贴经费的管理工作和继续推进机关住房制度改革。
在上海市人民政府机关事务管理局承担了市级机关事务管理的主要职能的同时，中共上海市委、市人大常委会、市政府、市政协等四大机关的办公厅分别设置行政处（或后勤管理处），承担本办公厅范围内少量的日常后勤管理职能，主要是日常财务会计、公务用车管理、领导服务管理等；市级机关各委、办、局尚留的此类日常后勤管理职能，则由各自的办公室（或秘书处）兼顾，不专门设置管理机构。
随着政府行政体制改革的深化和机关后勤服务社会化程度的提高，上海市市级机关事务管理职能还将发生进一步的转变。