为了防止国家机关滥用自由裁量权，《公务员法》以及《行政机关公务员处分条例》都规定了公务员惩戒的程序。《公务员法》第57条第2款和第3款规定：“公务员违纪的，应当由处分决定机关决定对公务员违纪的情况进行调查，并将调查认定的事实及拟给予处分的依据告知公务员本人。公务员有权为自己陈述和申辩。处分决定机关认为对公务员应当给予处分的，应当在规定的期限内，按照管理权限和规定的程序作出处分决定。处分决定应当以书面形式通知公务员本人。”根据该规定，公务员的处分应当按照以下环节进行：
1.立案。有权机关如任免机关、行政监察机关收到检举或发现公务员有违法违纪行为，依照法律规定认为有必要查处，应当按照管理权限和案件隶属的管辖履行其职责，立即进行立案。根据《中华人民共和国行政监察条例》，监察机关按照其管辖范围，对于需要查处的事项，应当进行初步审查。认为有违法违纪行为，需要给予行政处分的，应予立案。
2.调查。立案之后，任免机关应当本着实事求是的原则对公务员违纪的事实进行调查、取证，认定是否存在违纪的事实、已经掌握的情况是否与事实相符等，在公务员处分的整个流程中，调查是最关键的环节。如果经过调查认为公务员违纪事实并不存在，或者情节明显轻微，就应当撤销立案；相反，调查的结果就是确定公务员处分种类（即警告、记过、记大过、降级、撤职、开除）的重要依据。
3.告知拟被处分的公务员并听取本人的陈述和申辩。任免机关对违纪公务员经过调查之后，要把认定的违纪事实和施以处分的意见告知拟被处分的公务员。任免机关公布调查结果必须通知当事人参加，当事人有权陈述自己的理由和进行申辩，同时，也应当允许别人为其辩护。在此基础上，任免机关办案人员应当对调查材料进行进一步的分析判断，弄清事实，分清是非，并依照公务员法的规定，在准确定性的基础上对违纪公务员提出处分意见，呈报审批机关审批。
4.作出处分决定。经过上述程序后，具有审批权的任免机关须对处分意见进行认真审核，认定有必要对当事人施以处分的，即作出处分决定。按照公务员法的有关规定，专门机关对公务员作出的行政处分的决定，应当以书面形式通知本人。
另外，国务院颁布的《行政机关公务员处分条例》第39条也对公务员的处分作了专门的规定：“任免机关对涉嫌违法违纪的行政机关公务员的调查、处理，按照下列程序办理。”为了便于大家全面、系统地把握和理解公务员惩戒一章的内容，这里予以简单的介绍：
（1）经任免机关负责人同意，由任免机关有关部门对需要调查处理的事项进行初步调 查；（2）任免机关有关部门经初步调查认为该公务员涉嫌违法违纪，需要进一步查证的，报任免机关负责人批准后立案；
（3）任免机关有关部门负责对该公务员违法违纪事实做进一步调查，包括收集、查证有关证据材料，听取被调查的公务员所在单位的领导成员、有关工作人员以及所在单位监察机构的意见，向其他有关单位和人员了解情况，并形成书面调查材料，向任免机关负责人报告；
（4）任免机关有关部门将调查认定的事实及拟给予处分的依据告知被调查的公务员本人，听取其陈述和申辩，并对其所提出的事实、理由和证据进行复核，记录在案。被调查的公务员提出的事实、理由和证据成立的，应予采信；
（5）经任免机关领导成员集体讨论，作出对该公务员给予处分、免予处分或者撤销案件的决定；
（6）任免机关应当将处分决定以书面形式通知受处分的公务员本人，并在一定范围内宣布；
（7）任免机关有关部门应当将处分决定归入受处分的公务员本人档案，同时汇集有关材料形成该处分案件的工作档案。
任免机关应当按照管理权限，及时将处分决定或者解除处分决定报公务员主管部门备案。