办理文件是专人秘书日常工作中，工作量最大、接触面最广、内容最繁杂的一项政务性、机要性、事务性、服务性兼而有之的工作，这项工作对于领导人实施领导，保证上情下达、下情上报和纵横联系都有重要的意义。专人秘书办理文件是旨在为领导提供阅读、审批文件的方便条件，最大限度地节省领导处理文件所占的时间，使领导审批的文件能够及时得到贯彻落实，充分发挥文件的作用。
（1）对收到的文件及时登记、分类、筛选、呈送
要根据领导者分管的工作任务，在登记的基础上，经筛选把文件分类为“送审件”“送阅件”“参考件”“存查件”，有区别地呈送。
“送审件”是必须经领导审批表态的文件。这类文件时效性、政策性强，必须及时登记、送审、转递，为使领导审阅方便，秘书事先应认真阅读，发现所述情况和字迹不清的地方，要及时查询弄清。为有助于领导决策，送审的同时，应提供与送审件有关的参考资料，乃至提出若干个审批方案供领导参考。
“送阅件”是领导必读的文件。主要是同当时形势和中心工作有紧密联系的上级工作部署、重要会议精神、下级情况报告、有关信息、重要工作动态等。“送阅件”应尽量选择与全局有关、与领导工作结合紧密、重点突出、有典型意义的文件。不能不加区别，照搬全送。对篇幅较长、又确有价值的文件，应事先归纳文件的主要精神，写出提要，一并送领导阅示。
“参考件”主要是工作学习的有关资料，其中观点新颖、鲜明，对工作有较高指导价值的，应及时呈送领导阅读。
“存查件”是指时过境迁，只能作为历史凭证，以及没有必要立即呈送领导阅读的文件。如经领导讨论确定的任免批文、会议纪要、报纸已公布的政令、法规、计划、通知、公告，以及内容重复的报告、简报。这类文件领导早已知晓，不必收到即送，可根据领导需要随用随送。
（2）对领导审批的文件及时登记、转递、催办
秘书要对领导审批了的文件逐一进行登记，然后按批示要求，转递有关方面，并负责催办，不能一转了之。承办过程中，应按时了解承办情况，发现问题及时反馈领导。对未能按期办理的要督促承办单位办理，并了解未能如期办理的原因。
（3）对已经办理的文件立卷归档
送领导审阅的文件返回后，应根据文件的不同类型进行清退和归档。清退应尽量直接进行，不要增加中间环节。归档应周密细致，根据不同类别登记造册、立卷，以便领导再用时，准确、及时地提供。年终时，应根据档案部门的要求，移交档案室保存。