按组织机构分类，就是将文件按其处理部门或承办部门进行分类立卷，也就是按内设组织机构进行分类。任何一个社会组织，都会根据其职能内设若干部门，每一内设部门都有其相对独立的职能，产生的文件在内容性质上是相对独立的一个类别。在一个年度内，按照内部组织机构分类，自然能够保持文件之间内容上的主要联系，也有利于满足利用者按专题查找和利用的 需要。
按组织机构分类时，先把文件按党、政、工、团四大类别分开整理，不能混在一起，在四大类别中，再按组织机构继续分类。如属于党委的文件，按党组、党委会议、党委办公室、党委组织部、党委宣传部、纪委等部门分别整理、立卷。这种分类的结果，使党、工、团等组织的文件与各行政、业务部门的文件分开，各内设机构之间的文件也相互分开，各自形成不同的类别，以组织机构为主线，从各个方面层次清楚地反映整个机关团体各项工作活动的历史面貌。
对跨部门形成的文件，为避免重复整理、立卷，应以由承办部门整理、立卷为原则，具体做法包括：
（1）经党委或党组起草或讨论决定，以政府（行政、业务）部门名义发布的方针政策、规章、制度等文件，划归机关行政（业务）办公厅（室）整理、立卷；党政合一的办公室应将该类文件归入行政类。
（2）由业务部门起草、以机关团体名义发出的文件，或以机关团体名义召开的多个机构组织的综合性会议形成的文件，一般应由机关团体的综合部门立卷；以机关团体名义召开的专业性会议文件，由该业务主管部门或承办部门整理、立卷。
（3）本机关两个或两个以上的机构联合办理的文件，一般应由主办单位整理、立卷，不能确定主办单位的，由最后承办单位整理、立卷。
（4）机关领导人身兼本机关或外机关两个或两个以上不同职务形成的文件，应按其不同身份所形成的不同业务内容，分开整理、立卷。一般由该文件主办单位或承办单位整理、立卷。