事业单位人事制度变革要求的凸显还在于其传统人事管理模式的遗传性积弊阻碍了制度功能的发挥。事业单位人事制度脱胎于传统干部人事制度的基本范畴，迄今依然没有完全摆脱其母体的消极影响，传统干部人事制度的管理方式和理念不可避免地对事业单位人事管理模式及其运作逻辑产生深刻影响，而传统干部人事制度的制度困境也必然会或多或少地遗传于事业单位的人事管理活动中。随着公共部门体制变迁进程的加快，事业单位传统人事制度的遗传性积弊更加突出，日益显现出与公共部门人事管理制度变迁整体进程的不适应性。具体来说，事业单位传统人事制度的遗传性积弊主要涉及以下几个层面。
（1）人事管理活动具有浓厚的行政化色彩。事业单位成型于计划经济体制模式下，由于国家长期以来直接控制或包办事业单位的运营活动，事业单位事实上变成了政府部门的附属物，事业单位人事管理活动的行政化色彩浓厚，甚至事业单位都被赋予了一定的行政级别。人事管理行政化不但使其人事制度无法体现事业单位的特色，不能有效调动事业单位人员尤其是专业技术人员的工作积极性，而且在一定程度上导致了事业单位相互攀比的现象，客观上造成事业单位机构臃肿的情况，人员编制也由此不断膨胀。
（2）人事管理缺乏科学分类。事业单位种类繁多、性质各异，只有针对性质和任务不同的事业单位以及事业单位不同岗位分别做出差异性的人事管理安排，才能使人事管理活动取得实效。当然，理论上的分析只是表明了一种应然的状态，实际的情况却并非如此。事实上，事业单位传统人事管理活动缺乏科学的分类规则，非但没有能够体现事业单位人事管理与机关人事管理的区别，也无法反映不同类型事业单位以及事业单位内部不同岗位的性质和特点。所有事业单位的管理人员和专业技术人员都统称为国家干部，在这一干部系统中包含了各种工作性质和特点不同甚至是迥异的人员，对这些人员都实行党政机关统一的管理办法。这种人事管理制度不利于对工作性质、素质要求及成长规律各不相同的人员进行管理，也不利于事业单位人员的成长和事业单位自身的发展。
（3）事业单位缺乏用人自主权。组织人事管理的根本在于用人治事，通过调整组织中人与人、人与事之间的关系，力求达到人尽其才，事竞其功。简言之，“用人”与“治事”应协同一致，只有充分赋予组织“用人”的权力才可能治好“事”。当然，这同样是理论上的假设，就实际的运作过程来看，事业单位人事管理活动中“用人”与“治事”环节事实上是相互分离的。在公共部门的传统人事制度框架内，虽然与机关分属不同的组织序列，但在行政事业一体化的事业管理体制下，事业单位依附于政府主管部门，实行身份管理和事实上的就业终身制，普遍缺乏用人自主权，人员进出渠道不通畅，人员结构性矛盾突出。
（4）事业单位人事管理活动不规范。在从传统干部人事制度的整体框架内初步剥离出来以后，事业单位人事管理的效率和法制化程度虽然有一定程度的提高，但其人事管理活动的规范性程度却亟待提升。比如，事业单位人员考核指标体系简单粗放，指标繁多但重点不突出，定性指标多，过分注重结果指标而忽视过程指标；考核过程缺乏沟通；考核流于形式等。再如，事业单位人员招聘大多考察应聘者的表象特质而非潜在的高绩效素质状况，其评价的信度往往受到面试考官的专业经验甚至是主观判断的影响。
传统人事制度的遗传性积弊使事业单位人员的利益需求得不到满足，难以有效调动其工作积极性。虽然经过多年的改革和探索，事业单位人事管理的效率和规范化程度都有一定程度的提高，岗位管理、竞争机制、激励机制，以及人员的选拔、流动机制都在逐步得到完善。但是毋庸讳言，成型于计划经济体制下的传统干部人事制度的积弊依然存在，事业单位人事管理制度功能单一且分散，大多使用管理和控制式的方法，因而常常与工作人员之间形成对立和抵触的现象。既然这种人事管理活动是一种被动和缺乏灵活性的、基本属于照章办事的行政事务性工作，那么在事业单位人事管理实践中存在忽视人员利益需求的“激励缺失”现象也就不足为奇了。
社会主义市场经济体制改革催生的价值观念与事业单位人事管理现状的强烈反差，使事业单位人员的预期利益和实际状况之间的冲突不断加剧。随着社会主义市场经济体制的不断完善，市场经济的公正、公开、公平等契约观念日益深入人心，而在市场经济的契约观念中，尊重人的需求或预期利益本来就是题中之意。因为市场经济体制本身就是一种人性化的制度安排，它建立在“理性经济人假说的基础之上，假定每个人都在追求自身利益的最大化，个人利益得到首肯和鼓励，人们根据对利益的预期和市场信息的导向，积极主动地从事各种有利于收益最大化的活动。在追求收益最大化的过程中，优胜劣汰的竞争机制不断调动人的能动性、主动性和积极性，人本主义的人力资源管理模式也因此得到普遍认可。在市场经济体制改革进一步向纵深推进的宏观背景之下，由于依然没有摆脱传统干部人事制度的桎梏，大多数事业单位的人事管理制度却依然定位于职位本位、工作本位或管理本位，相当程度上忽视了对个体需求的尊重。总之，社会主义市场经济体制改革的深入不断彰显和刺激了公众的利益需求和理性预期，由此产生的价值观念的嬗变必然与事业单位人事制度的实际状况形成强烈反差，从而诱发事业单位人员要求消除传统人事管理制度积弊的内驱力。