“六根清净”源自佛家，“六根”说的是人的六种认识器官，即“眼、耳、鼻、舌、身、意”。“六根”通过与外界事物的接触和加工，生成六种不同的认识，即“色、声、香、味、触、法”。外物为“六尘”，即六官所感应到的不同对象。
凡人通常是“眼贪色、耳贪声、鼻贪香、舌贪味、身贪细滑、意贪乐境”。
正如庄子所说：“与物相刃相靡”，“终身奴役”。老子曰：“五色令人目盲，五音令人耳聋，五味令人口爽，驰骋畋猎令人心发狂，难得之货令人行妨。”
佛家修行就是改变“终身奴役”的状况，使得“六根清净”。《法华经·法师品》曰：“依受持、读、诵、解说、书写经典等五种行，则可依经典之力量，而使六根清净，并得清净六根后的种种功德。”即持戒、禅定和般若，归纳为戒、定、慧。
因此，“六根清净”是指修身和修心，而通达无上的智慧。达“慧”之后，就“六根互通”，任何一种器官都可兼具其他器官的效用。