2006年6月，经党中央、国务院批准，人事部和财政部印发了《事业单位工作人员收入分配制度改革方案》。2006年6月21日，国务院印发《事业单位工作人员收入分配制度改革实施办法》。按照上述两个文件规定，从2006年7月1日起，在事业单位实行岗位绩效工资制度。根据有关要求，事业单位实施绩效工资分三步展开：第一步从2009年1月1日起，先在义务教育学校实施；第二步从2009年10月1日起在专业公共卫生机构和基层医疗卫生事业单位实施；第三步从2010年1月1日起，在其他事业单位实施。2008年12月，人力资源和社会保障部、财政部、教育部出台《关于义务教育学校实施绩效工资的指导意见》。2009年12月24日，人力资源和社会保障部、财政部、卫生部出台《关于印发＜公共卫生与基层医疗卫生事业单位实施绩效工资的指导意见＞的通知》。
第四，全国范围广泛开展分类改革试点。十六届四中、五中全会明确提出“加快推进事业单位分类改革”。2005年政府工作报告第一次提出分类推进事业单位改革。在此前后，全国范围开展了广泛的事业单位分类改革试点。据统计，2002～2007年，有9个省份出台或研究拟定了分类改革方案，13个省份对事业单位进行了摸底调查和清理整顿，7个省份对事业单位进行了模拟分类，13个省份推进了改革试点工作。［8］在行业改革试点中，文化事业单位改革试点成效显著。2005年底，党中央、国务院下发《关于深化文化体制改革的若干意见》，吸纳了分类改革试点方案，并在文化事业单位全面推开。
通过这一阶段的改革，事业单位确立了基本的人事制度，聘用管理、岗位管理、公开招聘，为建设符合事业单位特点的人事管理制度完成了基础工程。事业单位岗位绩效工资的建立，对于调动事业单位工作人员积极性、消除平均主义和“大锅饭”等事业单位管理中的顽疾而言意义深远。广泛开展的事业单位分类改革试点，昭示着事业单位改革新阶段的到来。