从公共组织视角来看，我国事业单位的改革，需要突出解决以下几个方面的难题:第一，保持事业单位组织形式的灵活性改革机构设置的行政化倾向。
事业单位行政化首先表现在其组织形式上。我国事业单位具有政府机关的科层结构，政府将事业单位按照行政机构进行管理，事业单位也按照科层结构设置内部机构，与政府部门机构进行承接对应，按照行政管理模式管理内部事务。事业单位组织形式首先是满足行政主管部门的需要，在总体上与行政组织没有本质区别。
事业单位在组织形式上的行政化倾向，使得事业单位失去了组织形式的灵活性，与多种形式满足公共服务、减轻财政负担的初衷相背离。因此，对事业单位要在组织形式上进行松绑，以灵活的组织形式去适应新型的公共服务需求，是事业单位改革中必须考虑的重要问题。
第二，保持事业单位的相对独立性，避免管理人员出现官本位化倾向。
我国事业单位与政府机关一样，具有相应的行政级别配置，因此，事业单位的领导往往将自己视为是管理部门的领导，以官本位的意识处理上下关系，开展管理活动。在国家管理体系中，是按照行政级别的高低进行资源配置，级别高的事业单位能够获得更多的资源。在事业单位内部，也是遵循同样的方式，使得管理人员视官本位为工作中心，削弱了其工作服务意识。
事业单位人员向官本位看齐，容易产生官僚化倾向，严重背离了事业单位需以专业管理提升公共服务的价值取向。因此，事业单位改革要借鉴法人治理结构等形式，逐渐取消事业单位的行政级别，保持其组织管理与运行的相对独立性
第三，设计适宜的绩效评估方式，提升事业单位的工作绩效。
我国对事业单位改革的总体思路是进行分类改革，对履行行政职能的行政类事业单位，尽可能与行政部门合并；对公益类事业单位，政府进行全额拨款或差额拨款资助；对于经营服务类事业单位，将其转为营利性企业，取消财政拨款
事业单位无论是全额拨款还是差额拨款，都涉及公共财政的支出与效益衡量问题。绩效评估问题解决不好，不仅会带来公共资源的浪费，也会助长事业单位内部“吃大锅饭”，人浮于事。因此，事业单位改革中要因事而异，根据不同类别事业单位的特点，设计相应的绩效评估方案，以提升事业单位的工作绩效。