在事业单位改革前后人事关系发生很大变化，由于没有做好员工安置，影响社会稳定。事业单位改革前员工“身份”极为复杂，同一事业类型下，员工的身份表现多样化特点，有改革前原“国家干部”身份、“聘用制干部”、固定工、合同工、临时工(计划内、计划外)等多种用工形式。这些不同身份的员工在改革前的原体制内工资状况存在很大差别，并且由于用工方式的不同，对应的编制情况也不相同，在事业单位改革前，事业单位的人员中除临时工没有编制外，其余人员是有编制的，在一个单位内部并没有区别人员性质，是划分为事业编制还是“公务员”编制，改革前并无“公务员”编制一说，只有国家干部身份。事业单位人事制度改革后，因为各部门的“公务员”编制名额分配严重不足，使得一些行政管理部门根据上级指标人为地将人员编制进行重新划分，缺少公平公正和科学依据，一部分人通过关系获取了公务员编制，而大多数员工划分到“事业单位”编制中，其不公正性在于在改革前后身份置换发生重大改变，比如，原同一批分配到单位的“国家干部”身份的员工，有的纳入公务员编制，更多的划分为事业单位编制，引起大部分员工的强烈不满，导致事业单位人事制度改革难到位。
工资差别大，工资绩效管理体系混乱，绩效管理实施难影响改革进程
由于许多事业编制人员工资标准大多按照“参公”(参照公务员)工资实行套改，沿用改革前执行的“公务员”工资，没有进行绩效工资转换，因此，在实施事业单位改革后，工资管理成为这类人员关注的焦点，加之许多员工的“事业单位”性质，是指员工的编制归类为事业单位编制，与本单位业务无任何关系，包括许多机关科室员工，都属于事业编制，因此，属于改革配套过程中没有认真对待处理的历史问题，人事制度改革与工资制度改革没有协调统一，导致许多“事业单位”无法执行绩效管理工资，在改革过程中出现了事业单位员工工资出现了多重发放不一的执行标准。工资绩效考核评价处于无序状态。