相对于林林总总的人际关系，下属与领导的关系恐怕是最令人注目也最让人费心的。相处融洽，当然无话可说；万一有矛盾，就必须审慎处理。处理的原则，贵在客观、理智、妥善。客观指分析问题的角度，理智是解决问题的原则，妥善是处理结果的要求。三者间客观是基础，理智建筑在客观的基础上，而没有理智与客观，妥善也是不可能的。比较理智的做法是：
（1）客观考虑问题的起因
机关秘书平时所讲的领导，不外乎就是办公厅（室）的正、副主任，处长（县、市长）、局长、院（校）长、书记等。担任这些职务的同志，由于经常与机关秘书直接接触，也就成为机关秘书口头上称呼的“官不大，权不小”。一谈到与领导的矛盾，许多秘书往往有意无意地讲“他”（领导者）的多，谈“我”（被领导者）的少；指责领导者的多，反省自己的少。客观地说，这其实是不够公平的。正确的做法是妥善、客观地分析“我”（自己）、“他”（领导）、“它”（工作环境、时间、地点等）三个因素。
当机关秘书和领导发生矛盾时，首先应冷静地分析一下这三个因素，自己对本职工作喜欢吗？个人意向和集体目标一致吗？是应付差事呢，还是积极主动地去干活？是不是自恃有某项专长而目中无人？是不是尽了自己的全部才智和心力？对自己的工作效率和效果清楚吗？对全局性的情况了解吗······
如果机关秘书充分地理解并认识到自己在上下级关系中的重要位置，那么，机关秘书就会正确处理好与领导者的关系。那些单纯责怪“领导差劲”或单纯怪罪“某些人难管”，无疑都是片面的。
（2）理智选择融洽的方法
俗话说“将心比心”，孔子曰“己所不欲，勿施于人”。每个人固然都有自己的脾气，但是专门靠向他人或下属发脾气吃饭的人，如果不是发疯或特殊原因，恐怕也不会存在。问题在机关秘书自己先要保持友善的态度、融洽的气氛，不要“爆竹”脾气，动不动就骂娘，火药味十足。
融洽的办法有很多，最主要的还是诚、敬、谅、帮四个字。诚是诚实、诚恳，敬是尊敬、尊重，谅是体谅、原谅，帮则是劝告、等待。