确定商业秘密，可在确定国家秘密的基础上进行，但要遵循商业秘密确定的条件。如某企业有事项不宜公开，但不符合国家秘密的确定条件，却符合商业秘密的确定条件，可确定为商业秘密。确认商业秘密事项，先由基层部门填写“确认商业秘密事项审定表”（各单位可自行设计），报企业有关部门和领导审批。确认的商业秘密，要进行明确标识，内容不需要经过上级主管部门的审批，也不需要报各级保密工作部门审批和备案。
对确认后的商业秘密，要及时向本企业的全体员工公布（只公布项目，不公布内容），还要提出保密要求，进行保密教育，以提高全体员工的保密意识。再要制定“商业秘密管理办法”，对秘密事项采取保密措施；与使用、保管商业秘密的人员签订保密合同，其中主要是要写明保密条款和违约责任。