影响农药残留程度的因素有农药的性质、使用方法、剂型、环境条件以及农药残留的限量标准等。在环境中愈稳定、愈不易分解或降解的农药，就愈容易残留。六六六、滴滴涕等有机氯农药及其代谢产物化学性质稳定，在环境和农作物体内降解缓慢，而且容易在人和动物脂肪中积累，因此，这类农药虽然毒性较低，但其残毒仍不可忽视，特别是慢性蓄积毒性作用有机磷和氨基甲酸酯类农药化学性质不稳定，喷洒后在环境中容易分解，残留较少。但这类农药中有部分高毒和剧毒品种如甲胺磷、对硫磷、克百威等，如果在蔬菜这类生长期较短、连续采收的作物上喷洒这些高毒或剧毒品种，也难以避免残留超标而引起中毒。内吸性农药如乙拌磷、内吸磷等残留较严重。
一般乳油剂、悬浮剂农药直接喷洒对农作物污染残留程度较粉剂大些。是否正确按照每种农药使用操作规程，如适合作物、使用次数和剂量、喷洒时间和安全间隔期等（即最后施药时与采收时间的间隔），也与农药残留程度有关。
小白菜、大白菜、豇豆、圆白菜、菜花、苋菜、辣椒和茄子等特别逗虫吃的蔬菜，喷洒杀虫农药较频繁，农药残留问题较突出，影响了食用的安全。而南瓜、红薯、胡萝卜、洋葱、茼蒿、大葱、香菜、生菜、番茄因较少逗虫，一般不用杀虫剂。完全消除农药残留是不现实的。但为了健康安全，各国都在保证有效防治病虫害前提下，经过毒理评价，制定出适合本国国情的农药残留最高允许浓度作为控制标准。