《事业单位会计制度》适用于各级各类事业单位。凡按照国家有关事业单位登记管理的规定登记或备案的事业单位均适用《事业单位会计制度》。
（1）如果事业单位所处的行业存在国家统一规定的行业事业单位会计制度，则该事业单位适用特定的行业事业单位会计制度（如公立医院适用《医院会计制度》）；没有国家统一规定的特定行业事业单位会计制度的事业单位，都适用新《事业单位会计制度》。
（2）纳入企业财务管理体系执行《企业会计准则》或《小企业会计准则》的事业单位不执行新《事业单位会计制度》。
（3）参照公务员法管理的事业单位的会计制度适用问题，将由财政部另行规定（注：国务院参照公务员法管理的事业单位，如财政部的国库支付中心、信息通信中心、卫生部的卫生监督中心等）。
（4）新《事业单位会计制度》发布后，随着各项行业事业单位财务制度的发布实施，2013年财政部将研究行业事业单位对《事业单位会计制度》的适用问题。基本原则是，如果行业事业单位可以适用或基本适用新《事业单位会计制度》，则不再修订相关的行业事业单位会计制度，原执行行业事业单位会计制度的事业单位将转为执行新《事业单位会计制度》。
知识链接财务视则，会计准则及会计制度上者之间的美系
1.财务规则与会计准则之间的关系
财务规则，是国家对事业单位进行财务管理、制定其他具体财务制度的基本法规依据，是各单位从事财务活动必须遵循的行为规范，它侧重于处理各种分配关系，主要从资金的调节、分配上进行管理，如收入管理、支出管理、结余管理等。
而会计准则，是规范事业单位会计核算、保证会计信息质量而制定的普遍性原则和总体要求，如会计核算前提条件、会计信息质量要求等一般原则的规定。
二者区别：财务规则是规范单位财务活动的依据，而会计准则是规范会计核算的依据。二者联系：它们都是反映单位的价值运动，即资金运动，两者是相适应、相配套的关系。具体讲，有什么样的财务制度，就应制定相应的会计准则，二者密不可分，是完整的统一体。
2.会计准则与会计制度之间的关系
会计准则，是对会计工作提出的普遍性原则和总体要求。会计制度，是对会计工作实施的规范。
两者关系：会计准则与会计制度都是规范会计工作的规定，会计制度对会计工作的规定比较明确具体，便于单位操作执行，而准则比较概括、原则、抽象，但在执行上有一定的灵活性，其作用主要是指导性的，制度则具有强烈的命令性。