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事业单位登记管理中的监督管理具有两个显著特点:①双向性。即登记管理机关对事业单位的监督管理，事业单位对各级登记管理机关及其工作人员的登记管理行为进行的监督。②多重性。对事业单位的监督管理，包括登记管理机关、财税、审计等多个部门对事业单位有关行为的监督管理；对事业单位登记管理机关的监督管理，包括上级登记管理机关对下级登记管理机关，事业单位和社会公众对各级登记管理机关及其工作人员的登记管理行为进行的监督。
具体而言，事业单位登记管理的监督制度包括年检、公告、处罚等内容。
1.年检。
根据监督检查的频率可以将监督检查分为年检和平时检查。所谓平时检查，又包括登记管理机关根据举报进行的监督检查，以及根据工作安排对事业单位进行的重点检查、抽查。而年检，即年度检查，是指事业单位法人根据条例的规定，在每年的3月31日前，将上一年度执行条例和按照登记事项开展活动的情况，向事业单位登记管理机关和审批机关报告，登记管理机关依法对报告进行审查，并作出相应处置的制度。
建立事业单位法人的年检制度，是实现登记目的的必然要求，体现了对事业单位实行动态管理的精神，有利于促进事业单位的自我规范。
事业单位进行年度报告时，主要汇报以下事项:①开展业务活动情况；②资产损益情况；③对条例和细则有关变更登记规定的执行情况；④绩效和受奖惩情况；⑤涉及诉讼情况；⑥社会投诉情况；⑦其他需要报告的情况。
登记管理机关对年检合格的，在《事业单位法人证书》正、副本上作出合格标记，其证书有效期延续至下一年度年检的截止日期；对不合格的，依照条例和细则作出相应的处置。