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单位内部控制的目标主要包括:合理保证单位经济活动合法合规、单位资产安全和使用有效、财务信息真实完整，有效防范舞弊和预防腐败，提高公共服务的效率和效果。
一、合理保证单位经济活动合法合规
行政事业单位经济活动必须在法律法规允许的范围内进行，严禁违法违规行为的发生，这是行政事业单位内部控制最基本的目标，是其他四个目标存在的前提和基础。行政事业单位内部控制首先要保证单位经济活动合法合规。适用的法律法规确定了其最低的行为准则，行政事业单位须将合法合规目标纳入内部控制目标之中。例如，行政事业单位必须根据预算管理制度如期完成预决算工作，公开预算信息遵从相关财经法规，提供真实的财务信息等。因此，行政事业单位需要制定政策和程序来处理相关法律法规要求的事项。行政事业单位经济活动的合法合规，会对其社会形象产生巨大影响，对于提高行政事业单位的执政能力和社会公信力具有重要意义
二、合理保证单位资产安全和使用有效
该目标强调了保证行政事业单位资产的安全和有效利用，以保证资产的使用效率。行政事业单位资产管理一直是管理中的重点和点问题，由于收付实现制造成资产的价值与实物脱离，如何解决单位在建工程项目及时转为固定资产，保证固定资产账实相符，都成为行政事业单位内部管理的重要方面，所以说如果要加强单位资产管理，保障资产的安全和完整，就必须从资产采购预算、资产配置标准、资产
采购计划、资产采购实施、资产验收入账、资产使用和盘点到最后的资产处置各个环节入手，加强资产控制的过程管理因此，强调保证资产的安全和使用有效，就是要加强行政事业单位以预算为中心的资产管理。
三、合理保证单位财务信息真实完整
该目标与会计报告和相关信息的可靠性有关，强调行政事业单位要提供真实可靠的会计报告和相关信息。会计报告和相关信息反映了行政事业单位的运行管理情况和预算的执行情况，是行政事业单位财务信息的主要载体。同时，会计报告及相关信息作为社会公共产品，完整地反映了行政事业单位完成公共服务职能和履行社会责任的情况。另外，由于行政事业单位的特殊性和利益相关者的高度分散性，更加突出了行政事业单位会计报告和相关信息的重要性因此，行政事业单位必须合理保证会计报告和相关信息的真实完整客观地反映部门的运行管理情况和预算的执行情况，为领导层的决策提供可靠依据，也为其解除受托责任提供依据行政事业单位编制的报告既是管理的一种要求也是一种有效的监督机制，有利于行政事业单位爬行职责，完成工作任务。另外预算执行报告是行政事业单位的重要报告之一，具有法定效力，这是行政事业单位和企业在报告上的很大不同
四、有效防范舞弊和预防腐败
我行政事业单位掌握了大量的社会公共资源，在进行资源和资金的分配过程中，单位应该按照公平、公开、公正的态度，廉洁奉公，采用一系列程序化的办公流程，达到资源的优化配置。但是，由于行政事业单位决策权、执行权和监督权的三权分立机制尚在完过程中，从而引发贪污腐败行为，破坏了单位内部控制体系，造成社会资源的极大浪费和分配不公，这不但会降低人民群众对党和政府的信任度，还会影响到我党的执政地位内部控制的最基本原则是权力制衡，行政事业单位应该充分运用内控的制衡原理，在单位内部进一步完善决策权、执行权和监督权三权分立的机制，发挥流程控制作用，有效地预防腐败，因此，内部控制制度是防腐制度的重要组成部分，该目标是行政事业单位能否持续公平分配资源的有效保障，是行政事业单位内部控制实现最高标的制度基础，作用于行政事业单位组织层级和业务层级
【案例1】 20世纪90年代以来，交通建设领扇贬丛生，日益严重，引起了中央领导的关切早在2003年中纪委五次全会，胡锦涛总书记就指出:“1996年以来，全国有13个省交通厅（单位）的26名厅局级干部经济问题被查处，有的地方甚至连续几任出问题，根本原因就是投融资体制、招投标制度、行政审批制度和干部人事制度等方面存在漏洞”温家宝总理在国务院第三次廉政工作会议上也指出:“交通、城建等领域大案要案发，必须强化监管，完善制度，堵塞漏洞，从源头上减少腐败、”交通建设领域的腐败主要集中在贪污用、工程项目、物资采购方面分析历年来曝光的大案要案可以看出，交通建设领域之所以贪污店屡禁不止，最根的原因就在于对权力缺乏最起码的制衡，河南省1997年以来五任交通厅长四个前“腐”后继纷纷落马就是典型的案例在这些案例中，一把手的权力基本无人能够制约，重要决策多数时候都是“一言堂”；决策，执行与监督本应分离的角色交织在一起，既当裁判员又当运动员的现象并不鲜见:业务部门、财务部门之间难以形成相互制约、相互监督的格局，以至于小金库，假发票、暗箱操作等违规行为比比皆是