行政赔偿程序，是指行政赔偿请求人针对有关行政侵权损害，向有关国家行政机关请求赔偿，由有关国家机关予以解决处理的程序。
根据《国家赔偿法》第九条第二款的规定，“赔偿请求人要求赔偿应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议和提起行政诉讼时一并提出。”可见，我国的行政赔偿程序包括三种：一是单独要求行政赔偿的程序，二是与行政复议一并提出赔偿请求的程序，三是行政赔偿诉讼程序。具体内容如下：
（1）单独要求行政赔偿的程序，即：行政赔偿请求人向有关赔偿义务机关单独提出赔偿申请书，申请书中应当记明法律所要求的有关事项；赔偿义务机关在收到赔偿申请书之后，应当在收到赔偿申请书之日起二个月内给予赔偿；逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三个月内向人民法院提起诉讼。（2）与行政复议一并提出赔偿请求的程序，即：在请求人申请行政复议时，将确认行政行为违法与要求行政赔偿这两项请求一并提出，要求行政复议机关并案处理；复议机关先确认行政行为的合法性问题，然后再决定是否给予申请人行政赔偿。
（3）行政赔偿诉讼程序，即：在行政赔偿请求人因行政赔偿义务机关逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有争议，以及提起行政诉讼时一并提起赔偿请求的情况下，由人民法院进行审理，并作出相应的判决。