做好公文清退工作，必须建立规章制度。同时也需要掌握必要的方法，才能收到事半功倍的效果。
（1）加盖清退戳记
为使收文部门和经办人员及时将阅办完毕的公文退回，秘书可在公文上加盖清退戳记，以提示收文部门和人员注意。如传阅件，可加盖“请速传阅，阅后退回”戳记；需要收回的公文，可加盖“定期收回”“会后收回”戳记；承办件加盖“请办理后退回”戳记；需要存档件加盖“请阅后退回归档”戳记。这样，标记明显，要求具体，提示清楚，能够达到催办和催缴的双重目的。大机关，由于公文较多，采取这种办法效果尤佳，可防止漏办、误办，提高工作效率。
（2）制发《公文清退单》
为使受文机关按时退回应退的公文，发文机关要及时发给受文机关《公文清退单》。《公文清退单》应列清应收缴的公文目录。受文机关应按《公文清退单》退回应退的公文。《公文清退单》的项目包括：发文时间、文号、发文机关、份数、序号、文件标题等。应缴份数、实缴份数、上缴人和收件人，以及联系电话一式两份发受文单位，退文单位上缴公文时要填写日期，加盖清退单位公章。发文机关收到退回的公文，要按清退单逐项清点核对，并在清退单上签字盖章后交退文单位一份留存备查。为使受文单位及时核对所收公文是否短缺，发文单位应每月或每季度发一份《发文核对单》，收文机关按《发文核对单》核对，发现有误，及时查找。
（3）制发《会议文件通知单》
各种会议，都会形成许多文件材料，为防止会议文件的丢失，会议主办单位应当制发《会议文件通知单》，将会议时间、会议名称、文件名称、数量及要求，通知与会人员所在单位的秘书部门，以使该单位秘书及时核对查收。