当事业单位的组织结构及相应的职位确定后，人员的配置就摆到了议事日程。就像一场足球赛，当守门员、后卫、中卫、前锋的位置确定了，哪个位置由谁去踢，就需要教练员费一番心思、动一番脑筋了。所谓管理，说到底是对人与人、人与物、物与物之间的关系在空间和时间上的协调，由此推论，改革实质上就是对以上各种关系的改进与革新。相对于物，对人的协调更为重要，因为人与物、物与物的关系协调取决于人，所以人员的配置在管理与改革中最为关键。
从道理上讲，人员的配置要与完成的业务量相适应，但是事单位的业务专业性、技术性、知识性很强，配置人员单从数量上考虑是远远不够的，必须考虑人员的专业技术水平和业务能力。但是同等职称或职务的人员专业技术水平的高低、业务能力的强弱差别很大，如大学里的教师同样都是教授或副教授，专业水平可能差距相当大，有些甚至有天壤之别。在所设定的不同岗位上，只能是按职称职务的标准予以 配置。
事业单位的业务活动不是时序地呈均匀直线变化，其工作量总是忽多忽少呈不规则的形态变化。单位内各个部门大多喜欢用工作量的峰值去衡量用人数量，总爱向人事部门叫喊工作繁重而人手少，要求增加人员配置，在这种情况下，人事部门要保持清醒的头脑，不要为一些囿于本部门狭隘利益的意见所左右，要坚持以常态的平均工作量配置人员，而对于工作量高峰时期人手短缺的问题，可采取部门之间临时协调借用或临时从外面聘用的方式弥补暂时的人手缺口。
过去几十年我国的事业单位基本上是以“养人”为原则进行人事安排的，因为员工一旦列入事业单位的编制，便端起了“铁饭碗”，一般情况，只要不违法乱纪，都不会被解聘。改革的重头戏是人事制度的改革，人员配置要从“养人”转向“办事”，即根据办多少事、干多少活儿来决定配置多少人。而作为政府设置的事业单位，其工作量是设定的，所以其人员的配置也应是有严格数量限制的。现在有一种带有倾向性的观点，认为应该鼓励事业单位向社会、向市场去“揽活儿”，以便挣钱来“养人”。这种意见又把事业单位混同于企业或非企业组织了，这就应该追问一下，政府有无必要设置这一事业单位，设置的规模应该多大？如果认为政府应该设置这一事业单位，在确定其应完成的业务量之后，便可将其人员编制确定下来，可采取不同的聘任方式，选聘各岗位上的职工。
聘任制有两种不同的操作方式：一是层层聘用制，即单位最高领导聘用部门领导，各部门领导再聘用科（室、组）领导，各科（室、组）领导根据已确定的名额聘用科（室、组）成员，一般上一级领导不干预下一级领导对人员的聘用。另一种是竞聘制，即将本单位所有的岗位张榜列示出来，并写明每一岗位的任聘条件，每一职工可根据自身条件对相应岗位报名应聘，若同一岗位有若干人应聘，则采取优劣比较的方法竞争上岗。竞聘制一般要组建招聘评审小组，以决定对人员的选用。根据事业单位是政府公益部门的属性特征，采取层层聘用制更为适宜，可减少由于竞争所引起的纷争和震动。
对于落聘人员，可采取养一批、退一批、待聘一批的政策。养一批，即对具有一定资格或专业水平的落聘人员，可委派一些与本单位业务有直接关系的工作，诸如调查研究、资料搜集等，为本单位专业水平的提升做些基础性工作。退一批，即对临近退休年龄或身体不适者，可劝提前退休，并给予一定优惠政策。待聘一批，即对有一定发展潜力且比较年轻者，可采取集中学习的方式，以提高业务水平，争取来年被聘用；而对于不适合在本单位工作的人员可劝其调出或退职，并为其提供一定的条件，施以一定照顾政策。对人的处理是最麻烦、最复杂的，事业单位一般不采取下岗、辞退的方式，特别是对有一定资格的老职工，不要轻易地将其推向社会，以免引起社会的动荡。