新型农业经营体系是相对于传统农业经营体系而言的。我国传统农业经营体系的运行，以“小而全”、“小而散”的农户家庭经营为主体，在农业发展上存在着“重生产、轻服务”、“重政策优惠、轻制度建设”等倾向。随着工业化、信息化、城镇化、农业现代化和经济全球化的深入发展，传统农业经营体系的问题和局限性日趋突出，制约农业结构的调整，阻碍着建设现代农业和转变农业发展方式的进程。第一，制约农业竞争能力的提升，迟滞农业发展方式的转变。在传统农业经营体系中，“小而全”、“小而散”的农户家庭经营之间存在着较强的同质性，加剧了我国农产品成本高、农业经营效益低和农业竞争力弱的问题，与发展现代农业的要求相距较远。随着农村青壮年劳动力大量进城务工，“小而全”、“小而散”的农户家庭经营，还容易加剧农户兼业化、农业经营副业化和农业劳动力老弱化的问题，导致以农为辅的兼业经营成为农业经营的主体形态。由此会推动农业经营粗放化、农业技术选择简约化，加剧农地撂荒和农机等设施设备的闲置，制约农业土地产出率、资源利用率和劳动生产率的提高，弱化农户推进农业集约化和专业化的动力。
第二，制约农业创新能力、抗风险能力和可持续发展能力的提升。在传统农业经营体系下，对大量家庭经营的农户而言，许多影响深远的资源利用、科技应用、市场拓展和抵御风险活动，单个农户缺乏参与的动力甚至能力，农户之间“搭便车”行为的存在，也会导致参与这项活动时面临较高的“动员”成本和“协调”困难。比如，在农作物制种、动植物疫病防治时，少数农户的不参与甚至会导致多数农户的参与“无功而返”。
第三，制约农业产业链的协调整合，农户在农业产业链利益分配中存在边缘化危险。相对于传统农业，现代农业竞争已由产品之间的竞争，转化为产业链之间的竞争。农户家庭经营的主要优势领域在于农产品生产环节，但在农业的产前、产后环节，如农资采购与供应、农产品物流与营销、农产品加工和储藏保鲜、农产品安全和品牌建设、农业金融保险或农产品期货市场等领域，农户家庭经营的劣势明显，制约着农业产业链、价值链转型升级和农业增效、农民增收。同时，“小而全”、“小而散”的农户家庭经营难以实现有效组织，难以联合起来与组织化程度较高、在农业产业链中居于垄断地位的工商资本（包括服务业企业）抗衡。随着现代农业的发展，传统农业经营体系的运行，会推动农业产业链运行中工商企业垄断格局的形成和“企业控制产业”现象的发生，容易将农户家庭经营推向农业产业链利益分配的边缘。近年来，面对农产品价格的剧烈波动，许多地方农民“承担风险多、获得利润少”，与此不无关系。
第四，制约农业结构的调整和农业现代化的步伐。建设现代农业，也是推动农业结构战略性调整的过程。农业结构的战略性调整是农业产业结构（供给结构）、需求结构、要素投入结构和产业组织结构战略性调整有机结合的产物。首先，传统农业经营体系由于“小而全”、“小而散”，往往导致农产品市场需求信息难以有效传导给农业生产者，加大农产品供求协调和价格实现的困难与风险，不利于发挥需求结构优化升级对农业产业结构优化升级的引擎作用。其次，传统农业经营体系的运行，制约着农业竞争力的提升，容易加剧农业比较优势的下降，降低农业发展对优质资源、优质要素的吸引力，从而制约农业要素结构的优化升级。最后，传统农业经营体系中农业组织创新的滞后，会制约农业产业链一体化，增加农业产业链、价值链转型升级的成本与风险，阻碍农业产业链整体素质和增值能力的提升。