迄今为止，我国行政事业单位对国有资产都采用非成本核算的财务核算方式，会计制度采用收付实现制，其指导思想是行政事业单位是为满足社会公共需要提供服务的，它们以非营利为目的，无需进行成本核算。这种观点是错误的，尤其对国有事业单位而言，此种财务核算方式的低效性已显露无遗。正如我们一再强调的那样，资金供给和公共服务需求之间总是存在着矛盾，这就要求我们将有限的财政资金发挥出最大的收益，而要做到这一点，就必须讲求成本的概念。无论是营利性行业还是非营利性行业，实际上都希望以最小的成本来最大限度地达到目标，只是营利性组织以利润最大化为单一目标，而非营利组织的目标多元化罢了。因此，事业单位不讲求经济核算是一种计划经济的思维，已远远落后于发展了的经济实践。其弊端突出地表现在以下一些方面：
在收付实现制下，会计科目太过简单，导致某些经济活动没法进行财务核算，从而阻碍了市场经济活动的展开。例如，对医院来说，从市场上融资租赁某项大型医疗设备也许比自行购置更为合理，但在目前收付实现制的会计制度下，没有相应的会计科目来对此项经济活动进行财务核算，因此很多医院只能放弃融资租赁方式。目前的财务会计制度对某些经济活动的收益不作账面反映，导致了账外资产的存在和国有资产收益的流失。同样是因为缺乏必要的会计核算科目，某些事业单位对下设的事业或企业单位的初始资金投入，只反映为“长期投资”，如医院下设的营利能力很强的医药商店。至于这些企事业单位所创造的收益则完全在账面上没有反映。这就造成了很多事业单位的财务报表遗漏了相当多的重要信息，无法反映出这类单位资产的真实状况。事业单位固定资产不计提折旧、不重估市场价值的做法使得某些固定资产的账面价值与实际使用价值、市场价值之间严重地脱离，不仅不利于资产更好地发挥其经济收益，也不利于核算事业单位提供公共服务所花费的真实成本状况。比如，三年前购置的电脑设备，虽然在账面上仍记载着其购人时的资产价值，但由于使用不当等原因其实际发挥的效能已很小了；又如事业单位的房产从事业单位成立起就已存在且按当时的购建成本入账，但经济高速增长带来了房产的升值，对此账面毫无反映，更不用说不人账的事业单位的国有土地，其实两者都构成了事业单位服务提供的机会成本。这种既不核算事业单位服务提供成本也不反映其资产升值的粗放式的财务核算制度与加强事业单位国有资产管理的目标发生了根本性的矛盾，不解决这一问题，要提高非经营性国有资产的使用效率就如同隔靴搔痒。
因此，重建成本核算的财务会计制度是加强公益性事业单位内部管理的一个非常重要的方面。公共资源的稀缺性决定了对事业单位的财务考察－-在达到公益性目标时是否尽可能以最小的成本来进行提高事业单位公共服务效率的重要一环，这与公平性等并不矛盾。事实上，西方国家自20世纪80年代兴起的公共部门的新公共管理运动就是旨在提高公共服务效率，从而引出了绩效指标考核等一系列改革措施，而财务指标考核就是这种以结果为导向的考核体系的核心内容。因为他们意识到，如果认为公益服务是非营利性活动就不需要成本核算的话，那么就会落入以前财务软约束下公共服务低效提供的恶性循环，导致公众对政府部门的猛烈抨击。
国有部门改革取得成功的新西兰，其在提高事业单位非经营性国有资产管理效率方面的一条重要经验就是从现金制会计系统转向权责发生制会计，区分收益性支出和资本性支出。其背后的理念是公共部门的管理者必须知道该用什么资源来提供公益性服务，了解所有项目的开支情况，从而尽量高效地使用公共部门的资源。权责发生制财务会计核算制度可以使政府预算决策者、公益性组织的管理者及外部监督者都能够更清楚地了解公共部门资源的耗费状况以及各项资产的使用效率。