由于农药标签上都标有毒性标志，加之一些文字材料中常常把“农药”作为“有毒物质”的代名词，从而使公众对“农药”形成了根深蒂固的误解，总认为“农药”就是“有毒”的，对农药产生了不必要的恐惧心理。如果说过去使用的农药中高毒、剧毒品种数量较大，对群众的习惯形成产生了一定影响，那么，现代农药从毒性（包括三致、内分泌等）、残留、环保、生态等方面都进行了很严格的审查，应该说绝大多数农药是安全的。WHO调查的癌症专家认为，作为应用的农药是不致癌的。
农药的毒性问题主要存在于杀虫剂中，特别是有机磷酸酯和氨基甲酸酯类杀虫剂的部分高毒、高残留的品种中。这是因为绝大多数杀虫剂都是神经毒剂，如果使用不当，就可能会引发人畜中毒。但是，杀菌剂、除草剂、植物生长调节剂、昆虫生长调节剂、昆虫信息素中绝大多数都不是神经毒剂，这些农药极少有高毒品种，而绝大多数都属于低毒（或实际无毒）化合物。
表1中列举了部分农药品种和一些日常用品的毒力水平进行比较，以说明所谓毒性问题并非农药所专有，也并非农药的普遍问题。