深度剖析法属于“刨根式”的分析方法，强调由表及里地分析，主要是通过表面现象，不断地问为什么，为什么，进而把问题剖析到位。这种“刨根式”的分析可以考虑从以下几个方面入手：
1.身份分析
身份分析是指通过说话人的身份，找到他所代表的团体，进而找到该团体所代表的阶层，层层分析原因。每个人他只要有身份，他的话就不是随便说说的，他肯定有这么说的目的，比如，针对地方政府卖地的行为，某位领导人说分税制的财税分割体系，我们地方政府也没办法。那么他说这话的目的很明显，就是他们还是想通过卖地来增加地方政府的财政收入，也就是让他们规范土地买卖程序可能不太现实。这样我们就能分析这里面隐含的问题，也就是本质原因了。
2.对比分析
对比分析是指通过争论的观点对比，找出其争议的焦点，从而分析出实质。例如2010年上半年山东省申论真题，关于社会舆论的实质，就可以通过双方的争议，找到焦点，进而分析出实质。这个很好做，就看看这两方争论的人是围绕着哪个焦点争论的，明确了双方争论的焦点，那么本质也就出来了。比如说水价改革的问题，一方面说水是公共资源，不应该提价，一方面说水是商品，可以根据市场来提价。由此来看，这两方说的关键问题就是水到底是公共资源还是商品，那么本质问题也就出来了。
3.本质剖析
本质剖析是指通过现象，找到表面原因，再通过表面原因，进而找到深层次原因。比如说某地桥塌了，但不允许媒体去采访。这个是现象。这时候就要分析他为什么不让媒体采访呢？是害怕媒体曝光！那么为什么害怕？桥的质量有问题是建筑方的事情，为什么地方政府要害怕，因为他心里有鬼，这里面可能存在着腐败受贿或不作为的情况，也可能是因为地方政府害怕影响当地形象，这也是跟利益有关系。这样就可能把本质找到了。
剖析出问题产生的本质后需要“构思阐述”，直白点说就是安排最后的答案。就本质分析题来说，若字数不是太过苛刻，答案应该包含两个方面的内容：一是问题产生的众多因素；二是问题产生的本质因素。通常情况下本质分析题应先阐述原因，然后再由原因引出问题本质，这样既可以让整个答案看起来比较饱满，也能够体现出考生对于本质分析的过程。当然，也不排除有的本质分析题在字数上要求比较苛刻，在这种情况下，考生就需要抛弃原因直面本质。