1.主要病害
（1）镶力菌茎腐病病原:由尖孢镰力菌侵染引起。病菌通过伤口或寄生昆虫来侵染植株的地下部分，伤口主要是由收获种球及清洗损伤和茎根部裂开而造成的病菌也能通过土壤侵染，土壤干燥或上温偏高加重染，不同品种对侵染敏感性存差异。
症状:鳞茎感染后会造成种球根盘和鳞片腐烂，植株生长十分级慢，叶片褪绿并自下而上枯黄；在地下，初期感染形成褐黄色的斑点可分布在鳞片或鳞片与根盘连接处，感染后期鳞片腐烂，如果根盘被侵染，那么整个种球会腐烂；镰刀菌侵染地上茎部位，造成基部叶片黄化，最后叶片褐色并脱落侵染地下茎部位，茎上呈现黑褐或褐黄色斑点，以后病斑扩大由外向内腐烂，植株未开花即枯死。
防治方法:用一般的土壤消毒剂消毒被感染的土壤或有怀疑的土壤（参见土壤消毒章节。尽可能快地把那些轻度或中度感染的种球种完，土壤温度要低，最好在12月至3月份种植这些种球。夏季种植时，土壤和温室温度要尽可能最低，用50％敌克松800倍+65％代森锌1000倍+97％恶灵3000倍液灌根（2）灰病病原:由葡萄球菌引起的。在潮湿的环境下，葡萄球菌会发育产生大量孢，这些孢子可通过风或雨水而迅速传播到邻近的植物上。孢子在干燥的植株上不会萌发，这样干燥的植株便不会被感染。
症状:主要危叶片，亦侵染茎、花蕾和花瓣，初期在叶片上可见直径1毫米浅褐色的针状圆点，在高湿条件下圆点很快发展成较大的圆形或椭圆形界线分明的病斑，叶背可见水渍状病斑扩展区，后期受感染的组织逐步死亡凋谢而成纸状边缘紫红色。受感染叶片生长受阻、变成畸形，当茎被感染时，感染区域的叶片死亡、茎上形成坏死区域；现蕾期发生叶烧时花带极易感染，使花蕾腐烂或畸形发育，开花时花瓣呈现灰色的水浸状病斑。
防治方法:如山区田间湿度大，在6月份片经常有水珠，灰霉病开始零星发病，发病初期发现病株应立即摘除病叶，雨停后及时喷施灰霉清和代森锰锌，或70％代森锰锌500倍+50％多菌灵500倍液叶面喷施:或50％农利灵1000~1300倍液叶面喷施。
（3）百合疫病病原:属于鞭毛菌亚门的疫属其菌寄生疫得（Phytophthora parasitica Dast.菌丝无色无隔膜。不产生吸器，菌丝直接穿入寄主细胞吸收养分。后期产生菌丝和大量孢子囊。孢囊梗大都不分枝，孢子囊项生单孢，圆形。顶端有乳头状突起。孢子囊萌发时产生多个椭圆游动孢，在高温和高湿条件下病部形成大量孢子囊，孢子囊萌发后产生游动孢或孢子囊直接萌发进行再侵染。
症状:疫霉菌侵染会妨碍植株生长或使其突然枯萎，茎、叶、花均可受害，在茎基部被感染处初期出现水渍状，后形成软腐和成为暗绿色至黑褐色不规则病斑，并向上扩展后腐败，产生稀疏的白色层，即病原菌孢囊梗和孢子囊，时根系大量死亡，基部叶片黄化，上部叶片生长受抑制，植株长势减弱湿度大时在地上的茎部也常发生类似软腐的感染引起茎猝倒弯曲或软腐；幼嫩叶片易感染，初为水渍小斑，后逐渐扩大为灰绿色病斑，花受后软腐状。
防治方法:用25％甲霜灵500倍液喷施叶面，用25％的甲霜+霜可湿性粉剂、50％敌克松500倍、50％多威500倍、72.2％箱威600~1000倍淋湿植株根部。
（4）百合花叶病病原:百合无症病毒、黄瓜花叶病毒、百合X病毒和百合斑驳病毒。症状:叶片上出现深浅不一的斑驳条斑、花叶；叶片扭曲、畸形；花苞畸形和植株显矮缩防治力法:在现蕾期前拔除病株，加强对蚜虫的防治。
2.主要虫害
（）蚜虫多个种类的蚜虫均可产生危害，其群集在心叶、幼叶和花蕾上刺吸汁液，影响植株生长。防治方法:采用1.8％阿维菌素乳油2000~4000倍液，20％鼠戊菊酯乳油1000倍液，50％灭蚜威可湿粉1500倍液轮换喷杀。
（2地种蝇重点用5％阿维菌素防治地种蝇，一般4~5月第一代进入危害盛期，成虫对熟的腐炎类、发酵的饼肥及葱蒜味有明显趋性，一般6月中旬鳞茎底部发现大量幼虫，由于幼虫啃食产生伤口，引发枯萎病暴发。此外，成虫也飞到开花的植物上吸食。一般卵产在幼苗根部附近潮湿土壤里。每头雌虫产卵数十粒至百余粒。幼虫具腐食性、喜湿性和背光性，适于在土中生活。防治方法:每星期喷施一次阿维菌素，浓度3000倍，对地种蝇杀灭作用明显。
（3）地下虫主要有地老虎、蛴、金针虫为害。防治方法:农家肥要堆沤发酵、腐熟后施用，或用80％敌敌畏乳剂500~800倍液喷匀粪肥，用薄膜封盖闷杀24小时，杀死幼虫及虫卵后使用。地下害虫发生危害期间，用90敌百虫1000倍液浇灌土壤。