根据最新政府的职能梳理，汇总目前政务信息综合看：
根据《中共江苏省委办公厅、江苏省人民政府办公厅关于印发〈南京市人民政府职能转变和机构改革方案〉的通知》（苏办〔2014〕59号）和《中共南京市委、南京市人民政府关于印发〈南京市人民政府职能转变和机构改革实施意见〉的通知》（宁委发〔2015〕4号）规定，设立市水务局，为市政府工作部门，承担全市水行政管理工作责任。
一、职责调整
（一）划入的职责
1、划入原市水利局的职责。
2、划入原市住房和城乡建设委员会承担的城市供节水、生活污水处理行业监管，城市水环境项目的建设、管理及指导村镇供水、排水、污水处理职责。
3、划入市城市管理局承担的市政排水设施管理维护，占用、挖掘城市河道审批，城市排水许可，河道引水系统的调度和管理，城区排水防涝、防汛指挥调度和应急处置等职责。
（二）取消的职责
1、水利工程开工审批。
2、农村集体经济组织修建水库批准。
3、水利水电建设项目环境影响报告书（表）预审。
4、占用农业灌溉水源、灌排工程设施审批及开发补偿费征收下放各区水务部门承担。
（三）下放的职责
1、建设项目水资源论证报告书审批。
2、取水许可审批。
3、水土保持方案审批。
4、辖区内市管河道管理范围内从事除建设外的有关活动审批。
5、涉水建设工程设施竣工验收。
6、生产建设项目水土保持设施竣工验收。
（四）加强的职责
1、加强全市防汛防涝、供水、排水和生活污水统筹管理职责，加强对水务集团行业管理和业务指导。
2、加强全市水资源统一管理和保护职责。
3、积极推进水务领域简政放权和职能转变，改进工作方式，优化审批流程，加强事中事后监管。
二、主要职责
（一）贯彻国家和省有关水行政法律、法规和方针政策。研究起草全市水务行业地方性法规、规章并监督实施，实行依法治水、依法管水。
（二）研究拟定全市水务发展战略和政策、水务中长期规划、年度计划。负责研究拟定市域主要江河、湖泊和流域（区域）综合规划及水资源保护、防洪、供水、节水、排水、生活污水处理、水土保持和农田水利等专业规划，并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城乡规划及重大建设项目中水资源和防洪等水务论证工作；指导各区水务规划编制工作。
（三）负责全市水资源的统一管理和保护。组织拟定全市和跨区中长期水量供求计划和分配方案并监督实施；组织水功能区的划分和管理；负责水域的纳污能力和限制排污总量的核定工作，提出限制排污的总量建议；指导饮用水水源保护工作；负责全市计划用水、节约用水工作；组织实施取水许可制度和水资源有偿使用制度；组织实施河湖引调水工作；指导再生水等非传统水资源开发利用工作；负责全市地表水、地下水开发利用和管理保护工作。承担全市最严格水资源管理制度考核工作。
（四）负责全市供水管理工作。监督、检查、考核全市供水规划及年度计划执行、服务指标和供水设施的管理维护工作；负责供水特许经营管理。
（五）负责全市排水管理和生活污水处理、再生水利用管理工作。组织实施排水许可工作。组织实施排水达标区创建工作和雨污分流改造工作。监督、检查、考核排水、生活污水处理规划及年度计划执行情况和设施的运行、维修养护情况；负责生活污水处理、再生水利用行业特许经营工作；负责污水处理费征收和使用管理工作。
（六）负责组织指导全市水行政执法工作。协调处理部门之间、各区之间以及相邻地区间的水事纠纷；依法查处违反水法律、法规和规章的水事案件。
（七）承担本行政区域内长江采砂执法管理和监督检查工作。负责审查从事长江采砂活动的单位和个人的申请，并报上级水行政部门审批；牵头负责其他河道采砂监督管理工作。
（八）负责全市城乡河道、湖泊、水库、塘坝及其水域、岸线以及堤坝、涵闸、泵站、灌区、沟渠等各类水务工程设施的管理与保护。
（九）负责全市农村水利工作，组织协调农田水利建设。指导全市机电排灌、灌区改造与节水灌溉和农村河道疏浚整治工作；指导全市农田基本建设中水利方面的工作以及丘陵山区小流域治理工作；指导全市农村水利服务体系建设。
（十）负责组织指导全市水土保持工作。研究制定水土保持规划并监督实施；组织水土流失的监测和综合防治；负责并指导开发项目的水土保持工作的监督和管理。
（十一）负责全市水务工程建设管理。组织实施国家、省水务工程相关技术质量标准、规程、规范，起草地方相关工程建设标准并组织实施；组织建设和管理具有控制性的或跨区的重要水务工程；负责组织和协调城乡建设中涉及水务设施的配套工作；负责水务工程建设和运行的质量与安全监管工作；负责水务工程建设项目招标、投标活动的组织监督管理工作。
（十二）负责全市水务科技信息工作。组织重大水务科学技术研究、推广与应用；负责国内外先进技术的引进、消化与吸收；负责水务行业技术标准、规程规范的监督与实施，并补充与完善；负责全市水务行业对外技术合作与交流；指导全市水务信息化工作。
（十三）负责编制全市水务年度建设资金计划并组织实施。负责市本级水务建设资金的管理使用；负责提出有关水务价格、收费、税收、信贷、财务等方面的意见；负责市水务局系统国有资产的监督管理工作；指导全市水务系统财务、内部审计工作。
（十四）负责组织、协调、监督、指导全市防汛防旱防台排水防涝工作。负责对流域性河湖、城乡骨干河道和主要水务工程设施实施防汛抗旱防台排水防涝调度，负责市防汛防旱指挥部的日常工作及防汛指挥调度应急处置等工作。
（十五）承办市政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，市水务局设13个内设机构：
（一）办公室
协助局领导处理机关日常工作；负责局机关文秘、档案、机要、保密、信访、督查督办、信息编报等工作；负责人大建议、政协提案办理工作；负责局系统重要会议和活动的组织工作；负责新闻宣传、史志编纂工作；负责局系统政府信息公开工作；指导局系统档案管理工作；负责机关内部规章制度建设并监督实施；负责机关接待、后勤保障、安全保卫以及机关财产管理等工作；指导全市水务信息化建设工作。
（二）行政审批服务处（政策法规处）
贯彻落实国家和省市行政审批制度改革方针政策；指导监督全市涉水行政审批工作；组织拟订本部门行政审批工作的规章制度、办事流程；负责市本级水工程规划同意书、涉水建设项目（含河道挖掘占用等）、取水（含水资源论证等）、排水、水土保持方案许可以及其他涉水行政审批事项的受理、审批和网上运转工作；组织协调相关行政审批事项的勘查、论证、评审、审核等工作；负责指导全市水行政规费的征收；负责市管河道管理范围内占用管理工作。拟订全市水务法制建设规划，研究提出全市水务地方性法规、规章草案、政策；负责局机关规范性文件和重大决策合法性审查、备案和清理工作；监督、检查水务法律法规贯彻落实情况；组织协调水务系统依法行政工作，指导和监督水行政执法工作；承办本机关的行政复议、行政诉讼办理及局系统普法宣传教育工作；负责涉水政策法规咨询。
（三）规划计划处（市水务工程建设招标投标管理办公室）
拟订全市水务发展战略、中长期规划和年度计划，拟订流域性、区域性水务综合规划和边界水务规划、城市防洪规划、市重点水务工程规划，并监督实施；拟订市级水务固定资产投资计划；负责全市水务投资计划的综合平衡和审查；负责全市大中型水务基建项目立项申报、审查、核准工作；负责全市水务综合统计工作。负责对全市水务建设工程项目招标、投标活动的监督管理。
（四）水资源处（市节约用水办公室）
负责全市水资源统一管理、保护和监督工作，落实最严格的水资源管理制度；组织编制水资源保护规划并监督实施；监督水资源费的征收和管理；拟定全市和跨区中长期供求计划和水量分配方案、年度取水总量控制计划，并监督管理；组织水功能区的划分及监督管理，指导饮用水水源保护工作；指导江河湖库的水量、水质监测工作，组织审定水域纳污能力，提出限排总量的意见并监督实施，指导入河排污口设置保护工作；编发水资源公报和水质监测简报。负责全市水资源节约工作，组织编制节约用水规划，并监督实施；组织节水型社会建设工作，指导再生水等非传统水资源开发利用。
（五）工程管理处（水利工程移民处）
负责全市城乡河道、水库、湖泊等水域、岸线、河口、滩地和水利工程的开发、利用、管理与保护；指导全市河湖和水利工程（不含与管网接驳的泵站）的运行管理和安全管理；制订河湖和水利工程维修养护计划，指导河湖和水利工程维修养护和日常监管工作；指导全市水利风景区建设与管理；负责全市水利工程管理考核工作；对全市水库大坝安全实施监督管理；负责堤坝白蚁防治；承担全市大中型水库移民后期扶持及小型水库库区扶持等工作。
（六）基本建设和科技处（市水务工程建设项目稽察办公室、安全生产监督处）
指导全市水务基本建设管理工作；指导全市水务建设市场的监督管理；负责市重点水务工程建设项目稽察；组织或协助做好全市重点水务建设项目的验收工作；指导全市水务建设工程质量安全管理和安全监督工作；指导各级水务工程建设安全监督机构工作；承担全市水务安全生产监督管理工作；组织或参与制定全市水务安全生产管理规程规范；指导局属水务工程管理单位、生产经营类单位和重点建设项目的安全监管；组织或参与重大水务安全生产事故和重大涉水违法事件的调查处理；负责编制全市水务系统科技发展规划及年度计划并组织实施；负责管理局系统科研工作，组织全市水务行业相关科技规程、规范的研究制定工作组织新技术、新工艺、新材料的推广应用；组织全市水务科技成果鉴定和评奖工作。
（七）农村水利处（市水土保持办公室）
拟订全市农村水利中长期规划和年度计划；组织指导全市农村水利工作和农村水利服务体系的建设；指导灌区、节水灌溉、机电排灌和农村河道疏浚整治工作；指导全市农田水利建设工作和丘陵山区小流域治理工作，负责指导全市农田水利工程长效管护工作；组织指导全市水土保持工作，拟定全市水土保持规划和计划并组织实施；组织全市水土流失的监测和水土流失综合治理。
（八）水环境建设处
负责全市排水达标区创建工作和雨污分流改造工作，统筹污水管、雨水管、中水管建设，加强城市排水体系建设，提高城市排涝能力，构建城市排水数字管网，实现管理信息化。负责全市生活污水、雨水专业规划编制、实施计划统筹、业务指导、工作考核及市级项目协调推进等工作。
（九）供水管理处
负责供水行业管理和供水行业特许经营的具体实施工作；编制供水年度计划并组织实施；组织制定供水行业的质量技术、运营服务等管理标准和规范并监督实施；监督管理供水企业的供水水质；负责二次供水的监督管理工作；协调城市建设中供水管网管线的改、扩建工作，负责供水企业计划停水管理；负责供水突发事件应急管理工作，指导供水企业的安全生产工作；指导村镇供水管理工作。参与审核供水行业有关调价方案。
（十）排水管理处
负责排水行业管理和排水许可具体实施工作，提出再生水利用的政策建议；编制排水工程年度建设计划并组织实施；制定排水、生活污水处理、再生水利用设施建设、运行、管理的标准、规范和规程，并监督实施；负责排水管网接驳、迁改、临时占用排水设施的管理工作；负责排水突发事件应急管理工作；指导村镇排水、污水处理工作；参与污水处理费的调价工作。
（十一）财务处
研究提出本市水务行业价格、收费、税收、信贷、财务收支方面的意见；负责市级水务资金的计划、使用、管理、监督管理工作；指导全市水务系统财务会计工作；对市级水务系统的国有资产进行监督管理；负责市级水务各项事业经费和机关行政经费的收支平衡、收支预决算等财务管理工作。
（十二）审计处
负责全市水务系统工程建设、局机关和直属单位的财务收支、国有资产、行政事业性收费和党政领导干部经济责任的审计监督。
（十三）人事处
负责局机关和直属单位的机构编制、调配、工资、干部培训、任免奖惩、职称评聘等工作；负责局机关干部和直属单位科级以上干部的管理工作；指导全市水务系统干部和人才队伍建设；负责局机关和直属单位因公出国（境）管理工作，负责局系统对外交流与合作工作。
南京市人民政府防汛防旱指挥部办公室 负责组织、协调全市城乡防汛防旱防台排水防涝工作，负责市防汛防旱指挥部的日常工作；按照国家和省防汛防旱指挥部的指示，负责对流域性河道和重要水务工程实施防汛防旱调度；统筹全市城乡河道引排水系统的调度管理；负责全市重点水务工程防汛消险、防汛急办计划安排及督查工作；指导全市防汛防旱系统的建设与管理。
机关党委 负责局机关和指导直属单位的党群工作。
离退休干部处 负责局机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
按有关规定设置纪检监察机构，其编制和领导职数另行核定。
根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》（中发〔2018〕9号）、《中共江苏省委关于市县机构改革的总体意见》（苏发〔2018〕32号）和《省委办公厅省政府办公厅关于印发〈南京市机构改革方案〉的通知》（苏办〔2019〕1号），2019年3月，中共南京市委机构编制委员会以《关于优化调整市水务局职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》（宁编发〔2019〕4号）对南京市水务局职能配置、内设机构和人员编制规定优化调整如下：
一、关于主要职责调整
（一）划出的职责
1、将水资源调查和确权登记管理职责划转至市规划和自然资源局。
2、将编制水功能区划、排污口设置管理和流域水环境保护职责划转至市生态环境局。
3、将农田水利建设项目管理职责划转至市农业农村局。
4、将水旱灾害防治相关职责、市人民政府防汛防旱指挥部职责及市人民政府防汛防旱指挥部办公室日常工作职责、城区防汛指挥部办公室承担的日常工作职责划转至市应急管理局。
（二）增加的职责
增加城区排水设施调度、设施维护及积淹水点整治等消险项目建设管理职责。
（三）加强的职责
1、加强全市水环境建设工作。
2、加强水资源的合理利用、优化配置和节约保护。坚持节水优先，保障合理用水需求和水资源的可持续利用。
3、加强水域和水利工程的管理保护，加强长江治理与保护工作。
4、会同市有关部门对南京水务集团进行绩效考核。
二、关于内设机构调整
1、审计处、财务处合并调整为财务处（审计处）,其职责为：研究提出本市水务行业价格、收费、税收、信贷、财务收支方面的意见；负责市级水务资金的计划、使用、管理、监督管理工作；指导全市水务系统财务会计工作；对市级水务系统的国有资产进行监督管理；负责市级水务各项事业经费和机关行政经费的收支平衡、收支预决算等财务管理工作；负责全市水务系统工程建设、局机关和直属单位的财务收支、国有资产、行政事业性收费和党政领导干部经济责任的审计监督。
2、增设生态河湖处，其职责为：监督指导全市水域及其岸线的管理和保护，负责全市城乡河道、湖泊、水库等水域的开发、治理和保护；指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作；会同有关部门指导全市河湖保护规划编制工作；指导退圩还湖工作；承担全市中小型水库移民后期扶持等工作。
3、增设污水设施建设处，其职责为：组织编制全市污水主支干管、生活污水处理设施建设规划；组织制订污水管网、污水处理设施年度建设计划；组织推进污水设施项目建设工作；负责城区污水设施工程建设前期技术方案把关。
4、工程管理处（水利工程移民处）更名为工程运行管理处（市水务工程调度办公室），其职责为：指导全市水利设施的管理、保护和综合利用；指导水库、泵站、堤防、水闸等水利工程运行管理与确权划界；指导水利工程维修养护工作，组织制订水利工程维修养护计划；负责城市积淹水点整治工程等全市重点水务工程消险项目建设管理；组织编制重要江河湖泊和重要水工程调度及应急水量调度方案，按程序报批并组织实施；承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作。
5、河长制综合处，其职责为：承担全市“河长制”日常工作的组织协调、综合调度、信息发布和督查督办，负责组织对各区河长制工作督导考核。
6、水资源处（市节约用水办公室）更名为水资源管理处（市节约用水办公室）,其职责为：组织实施最严格的水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；组织编制并发布市水资源公报；拟订全市水量分配方案并监督实施；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作，按规定核准饮用水源地设置；指导地下水开发利用和地下水资源管理和保护；监督水资源费的征收和管理；负责全市水资源节约工作，组织编制节约用水规划，并监督实施；组织节水型社会建设和节水型城市建设工作。
其他内设机构职责相应优化调整。调整后，市水务局内设机构为：办公室、规划计划处（市水务工程建设招标投标管理办公室）、行政审批服务处（政策法规处）、财务处（审计处）、水资源管理处（市节约用水办公室）、基本建设和科技处（安全生产监督处、市水务工程建设项目稽察办公室）、工程运行管理处（市水务工程调度办公室）、生态河湖处（水利工程移民处）、农村水利处（市水土保持办公室）、河长制综合处、环境建设处、供水管理处、污水设施建设处、排水管理处、人事处，另设机关党委、离退休干部处。