区科学技术局设8个内设职能科室。
(一)综合科。负责综合材料、文电处理、会议组织、信息宣传、督查督办、档案管理、机要保密、信访接待、机关绩效、机关信息化、12345热线工作;负责机构编制、人事劳资、财务管理、资产管理、安全生产、培训及老干部工作;负责考核指标和工作目标的制定、统筹、分解、考核工作;负责人大代表建议、政协委员提案办理工作;负责机关作风建设;承担区“两落地一融合”工作领导小组办公室日常工作，负责全区“两落地一融合”工作的牵头协调;负责对接市“两落地一融合”目标制定和考核;完成局领导交办的其他工作。
(二)创新规划科。负责全区科技创新与科技体制改革的调研分析、总体规划、政策制定、组织实施、统计监测;承担创新型城区建设的组织实施;负责全区科技经费使用的预决算、计划编制、监督检查;负责区内高新技术企业、科技型中小企业、省民营科技企业等资质认定推荐工作，促进高新技术产业发展;负责高新技术产业领域重点研发计划、科技发展计划等科技计划项目的组织申报、政策落实和管理验收;完成局领导交办的其他工作。
(三)科技服务科。牵头负责科技企业服务;负责工程技术研究中心、科技公共服务平台、重点实验室、院士工作站等科技基础设施的组建、管理和验收;负责社会发展、现代农业、健康医疗类等科技计划项目的组织申报、政策落实和管理验收;协助有关部门开展科技金融和投融资工作;负责实验动物的管理工作;负责研发费用加计扣除审核工作;完成局领导交办的其他工作。
(四)科技成果科。负责产学研合作与科技成果转化，新型研发机构备案、管理和服务工作，组织实施重大科技成果转化项目计划;推进校地融合发展，对接高校院所，承担有关合作交流项目、活动的组织实施;承担技术转移体系建设和技术市场管理，负责技术合同认定登记工作;负责科技顶尖专家和创新型企业家引进、培育和服务工作;配合上级部门开展国际交流与合作，组织实施国际科技合作计划，协调推进跨国(境)技术转移工作，指导国际科技合作基地和外资研发机构建设;负责“创业南京”高层次人才服务工作，推动入选人才企业落地及成果转化，做好政策兑现相关服务;负责落实市外国专家局相关工作任务;完成局领导交办的其他工作。
(五)区域创新科。指导和协助全区众创空间、孵化器、硅巷等科技载体的规划、建设、孵化、认定(备案)及管理工作;负责科技招商、项目落地工作;组织举办创新创业大赛等活动，促进双创工作深入开展;负责苏南国家自主创新示范区建设的指导协调和推进工作;协同有关部门推动全区主导产业发展;完成局领导交办的其他工作。
(六)科技普及科。编制并实施全区科普中长期规划和年度计划;承担区全民科学素质工作领导小组办公室工作，负责《全民科学素质行动计划纲要》工作的实施;承担区科学技术协会的日常工作，负责科学技术普及相关工作;负责对街道、企业、社会科技组织的科普工作进行业务指导;负责省、市级科普基地认定初审工作;组织协调区科技智库专家参与科技决策咨询工作。
(七)协调推进科。负责统筹全区创新名城建设目标考核，抓好重点工作统计督查;做好创新名城示范区建设相关工作的协调、推进和落实。
(八)重大活动科。负责全区科技创新大会、创新周、“两落地一融合”、生根出访等与创新名城建设相关的重大活动的牵头组织、推进落实和督查考核工作;做好创新名城建设的宣传推介工作。