根据2010年《市政府办公厅关于印发南京市发展和改革委员会主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（宁政办发〔2010〕93号），市发展和改革委员会的主要职责如下：
（一）拟定并组织实施国民经济与社会发展战略、中长期规划及年度计划。负责全市重要经济总量的综合平衡和重大比例关系的科学分析和综合协调。负责制定全市国民经济和社会发展目标并组织监督、检查和考核。负责发布重要综合经济信息。受市政府委托向市人大报告国民经济和社会发展计划及执行情况。
（二）负责宏观经济的预测、预警和分析研究，拟定全市国民经济和社会发展的策略建议。拟定优化经济结构的战略目标和政策。统筹协调全市资本市场发展，研究提出直接融资的发展战略和相关政策，研究拟订重大项目投融资方案。综合分析财政、金融政策执行情况，研究提出相关的政策建议。负责企业发行债券的审核、转报和监督工作。负责协调创业投资和股权（产业）投资基金的发展，负责创业投资企业备案管理工作。参与审核并监督拟上市企业募集资金投向。
（三）负责拟订全市重大经济体制改革方案。负责有关综合配套改革和专项改革方案实施的组织协调、推进服务工作。指导推进全市经济体制和社会管理体制改革。
（四）负责拟订和组织实施主体功能区规划、区域经济发展规划、统筹城乡发展规划，组织编制小城镇建设、城市现代化、南京都市圈发展规划。负责发展规划之间的衔接以及规划、计划的审核、评估和管理。
（五）负责编制全市社会信息化发展规划并组织实施，承担智慧南京工程和社会诚信体系建设工作。
（六）负责拟定全市固定资产投资政策、投资体制改革建议方案并组织实施，负责拟订全市社会固定资产投资总规模、结构和资金来源方案，负责重大项目研究、储备和推进。规划重大项目和产业布局。会同有关部门提出年度政府投资建设计划。负责政府投资项目的立项审定。负责初审和转报需由国家和省审批、核准的投资项目。负责授权范围内的境外投资项目与利用外资项目的审核、转报、核准。牵头组织全市重大项目稽察。依照招投标法负责指导、协调、监督和管理全市招投标工作，负责工程建设货物招投标监督管理；指导本市工程咨询业发展。
（七）负责拟订生产力布局规划，组织实施综合性产业政策，推进经济结构调整与升级，负责协调三次产业发展重大问题并衔接相关发展规划和重大政策。组织重大特色产业基地建设，协调和推进新兴产业发展。负责安排重大工业和高技术产业建设项目，组织拟定高技术产业发展、产业现代化以及交通、原材料等行业发展战略和重大政策，统筹协调基础产业发展中的重大问题。负责拟定区域合作交流政策，组织区域合作交流、对口支援与扶贫工作。协调推进沿江开发有关工作。负责外地驻宁机构、社团组织的管理。
（八）负责全市能源行业管理。拟订能源发展规划、计划、政策措施并组织实施，负责能源体制改革、战略布局和结构调整。贯彻实施能源行业标准，监测预测能源发展状况，衔接能源生产建设和供需平衡。负责推进能源行业节能和资源综合利用，指导能源科技进步和新能源、可再生能源的开发利用。负责能源项目对外合作。
（九）提出全市农业和农村经济发展战略、规划及政策，协调农业和农村经济社会发展重大问题；负责研究小城镇经济发展；衔接、平衡农林水等发展规划和政策。
（十）负责全市服务业发展计划和目标的制订与考核，负责组织实施服务业综合改革，负责服务业集聚区建设和服务业重大项目的指导、协调和服务。
（十一）规划、协调全市对外贸易与经济合作、利用外资的发展目标和政策。提出全市进出口和利用外资的总规模、导向政策及外商直接投资和境外投资计划、组织实施重要商品进出口计划。负责全市全口径外债的总量控制、结构优化和监测。
（十二）负责规划和协调全市社会发展，综合协调社会事业发展和改革中的重大问题及政策，提出促进就业、调整收入分配、完善社会保障的政策措施。评估社会发展总体水平，研究和协调改善民生、推进城乡基本公共服务均等化相关工作。
（十三）负责资源节约和环境保护综合协调，贯彻落实国家发展循环经济相关政策，组织推进全市循环经济发展。拟订资源节约综合利用规划，参与编制生态环境建设和资源开发规划，拟定协调国土整治、开发、利用、保护相关政策。协调生态建设和资源节约综合利用的相关问题。负责全市应对气候变化工作。
（十四）组织编制南京市国民经济动员及信息动员规划、计划；协调经济建设、国防动员与经济动员相关的重大问题；组织实施国民经济动员有关工作。
（十五）承办市委、市政府交办的其他事项。
根据2015年《关于优化调整市发展和改革委员会主要职责内设机构和人员编制事项的通知》（宁编办〔2015〕69号），市发展和改革委员会主要职责优化调整如下：
（一）下放的职责
下放已由市政府公布下放的行政审批事项。
（二）划入的职责
1、划入政府投资城市建设项目的投资管理职责，并委托市城乡建设委员会承担。
2、划入研究拟订人口发展战略、规划及人口政策的职责。
3、划入协调推进全市政策性农业保险工作的职责。
（三）划出的职责
1、划出协调创业投资和股权（产业）投资基金发展的职责。
2、划出综合协调地方铁路建设、南京长江岸线资源开发利用的职责。
（四）增加的职责
1、协调推进全市枢纽经济发展相关工作的职责。
2、协调推进新型城镇化发展相关工作的职责。
3、协调推进总部经济发展相关工作的职责。
4、协调推进战略性新兴产业发展相关工作的职责。
5、协调推进军民融合发展相关工作的职责。
（五）加强的职责
1、加强能源发展与综合管理相关工作职责。
2、加强社会信用体系建设相关工作职责。
3、加强全市重大项目推进工作职责。
4、加强经济体制改革、生态文明体制改革牵头推进职责。
5、加强产业结构调整、产业空间优化及产业融合发展相关工作职责。