处理好解放思想和实事求是的关系。不进行思想的大解放，就不会有改革的大突破。解放思想不是脱离国情的异想天开，也不是闭门造车的主观想象，更不是毫无章法的莽撞蛮干。解放思想的目的在于更好地实事求是必须坚持解放思想和实事求是的有机统一，一切从基本国情出发，从实际出发，从人民群众的利益出发，既大胆探索又脚踏实地。
处理好整体推进和重点突破的关系。全面深化改革不是某个领域某个方面的单项改革，而是关系党和国家事业发展全局的重大战略部署，是一个涉及经济社会发展各领域的复杂系统工程。要坚持整体推进，防止畸重畸轻、单兵突进、顾此失彼。但整体推进又不是平均用力、齐头并进，而是要注重抓主要矛盾和矛盾的主要方面，注重抓重要领域和关键环节。重要领域“牵一发而动全身”，关系到改革大局，是改革的重中之重；关键环节“一子落而满盘活”，关系到改革成效，是改革的有力支点。
处理好全局和局部的关系。局部与全局相互依存，没有局部就无所谓全局，没有全局局部也不可能存在，既不能以局部代替全局，也不能以全局代替局部。在全面深化改革过程中，每一项改革既要考虑局部的具体情况，更要从大局出发，从全局上来统筹谋划。要避免“只见树木，不见森林”，防止局部和眼前合理却不利于全局和长远的情况发生。
处理好顶层设计和摸着石头过河的关系。摸着石头过河是富有中国特色、符合中国国情的改革方法，也是符合马克思主义认识论和实践论的方法。同时，随着改革不断推进，必须加强顶层设计和总体规划，提高改革决策的科学性、增强改革措施的协调性。摸着石头过河和加强顶层设计是辩证统一的。要加强宏观思考和顶层设计，更加注重改革的系统性、整体性、协同性，同时也要继续鼓励大胆试验、大胆突破，不断把改革引向深入。
处理好胆子要大和步子要稳的关系。面对新形势新任务，一定要拿出全面深化改革的勇气，大胆探索，勇于开拓，这是第一位的。同时也要看到，全面深化改革涉及面广，必须稳妥审慎三思而后行。对一些重大改革，不可能毕其功于一役，可以提出总体思路和方案，但推行起来还是要稳扎稳打，积小胜为大胜，做到“蹄疾而步稳”。
处理好改革发展稳定的关系。改革发展稳定是我国社会主义现代化建设的三个重要支点。改革是经济社会发展的强大动力，发展是解决一切经济社会问题的关键，稳定是改革发展的前提。要坚持把改革的力度、发展的速度和社会可承受的程度统一起来，在保持社会稳定中推进改革发展，通过改革发展促进社会稳定。