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行政事业单位内部控制如何建立与实施呢？下面是实务操作的五步流程。
即单位确定内部控制为正式实施项目；设计项目运行计划；按运行计划进行各个阶段的实施；按实施情况进行评价，并就存在的漏洞进行整改和完善；完成本单位的内部控制手册。
一、单位确定内部控制为正式实施项目
行政事业单位内部控制体系的建立与实施，是国家法律法规赋予每个行政事业单位的义务和权利，每个单位应该尽快根据本单位的实际情况，确定本单位内部控制作为体系项目来建设的时间表。
本单位应该根据本单位的实际情况，确定是否聘请优质的社会中介机构协助本单位完成内部控制体系项目的建设。
确定内部控制体系项目启动时，应包括以下内容。
（1）项目启动时间及初步运行时间表。
（2）参加项目的团队。
（3）项目的范围。
（4）项目人力物力一期投入预算。
二、设计项目运行计划
项目要进行正式运行，必须成立能够适应本单位内部控制需要的组织机构。以此为基础，各种工作才可以顺利进行。
项目运行计划应包括以下内容。
（1）内部控制组织机构及其核心。行政事业单位首先成立内部控制领导小组，并以领导小组为核心。成立领导小组时应明确其职责。
本单位成立内部控制领导小组后，应该根据本单位实际情况，在领导小组内进行分工。
（2）设置领导小组下属机构。包括内部控制实施指挥组、内部控制实施监督组、内部控制实施评价组等，并明确各个机构的职范围。（3）确定本单位内部控制所包含的体系。包括两大体系，即单位层面内部控制体系和业务层面内部控制体系。
在两大体系之下，又要明确各体系下的分体系。比如，单位层面体系包括组织机构体系、单位员工培训体系、内部控制风险评估体系、单位制度体系、内部控制实施监督体系、内部控制实施评价体系等。
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业务层面体系包括预算控制体系、会计控制体系、资产控制体系、政府采购控制体系、建设项目控制体系、合同控制体系等。
（4）制订本单位员工内部控制培训体系和计划。通过各类学习方式，
本单位各层级领导及相关工作人员掌握行政事业单位内部控制的基本知识面，其中以行政事业单位内部制规范为主线。同时，需要全员参加单位内部控制知识的培训学习。
（5）对单位各类业务的流程调查、梳理，并明确各业务环节。要求对本单位内部制的风险进行评估。要求对本单位各类业务流程及其各环节进行经济风险分析，分析各环节存在的漏洞，并评估风险高低程度及密度。
（6）单位内部控制体系初步方案的公布。在对上述各类业务环节的调查疏理及风险分析评估后，初步制定相关弥补漏洞和缺陷的规章制度，并在此基础上设计适合本单位的内部控制体系并进行公布。向本单位内部（甚至社会上）继续征求意见建议，在此基础上完善本单位内部控制体系总体方案。
（7）分别就单位层面和业务层面各类业务及各个环节制定具体的内部控制实施办法和相关制度。
（8）在内部控制实施的过程中，对本单位内部控制建立与实施情况进行内部监督检查。
（9）对本单位内部控制建立与实施情况进行自我评价。
（10）完成本单位的内部控制手册。
三、按运行计划进行各个阶段的实施，并对实施过程进行监督检查实施时，按目的运行计划去实施，并根据实际运行情况进行适当修正即可。实施的程序如下。
（1）成立本单位内部控制领导小组，明确领导小组职责，并进行领导分工。
（2）在领导小组下设置工作机构，包括内部控制实施指挥组、内部控制实施监督组、内部控制实施评价组等，并明确各个机构的职责范围。（3）实施指挥组安排本单位相关人员参加行政事业单位内部控制的相关学习和培训，由培训人员向实施指挥组汇报工作，以便了解掌握上面最新的动态和要求。
由实施指挥组逐步制定形成本单位的内部控制培训学习体系。
（4）实施指挥组组织人员对本单位业务流程进行调查、梳理。
（5）对以上各业务流程及各环节进行风险分析，在完成充分分析的基础上，进行风险评估。
（6）针对以上风险评估结果，对风险隐患较高的流程和环节，向领导小组做出汇报并请示进行调整修正。
（7）针对本单位所有的业务流程和环节，分别就单位层面和业务层面，制定或者完善本单位各类内部控制规章制度，形成各种控制体系。（8）初步公布本单位内部控制体系实施方案，广泛征求单位内部外部意见建议。
（9）初步形成单位内部控制员工参考手册。
（10）按制定好的内部控制监督检查制度，由实施监督组对本单位内部控制实施过程及结果进行全程监督。
四、按实施情况与结果进行评价，并就存在的漏洞进行整改和完善进行评价时，应该注意评价的独立性。评价体系包括下述几种。（1）评价小组机构运行办法。
（2）评价对象。
（3）评价流程和方法。
（4）评价结果的处置运用。
（5）其他。
五、最终确定本单位的内部控制手册
行政事业单位内部控制手册主要包括下述内容。