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事业单位改革是行政管理体制改革的组成部分，和行政管理体制改革密切相关。
1.事业单位改革的原因和缘起
事业单位改革的主要原因是政事关系错乱。即事业单位采取政府直接组织和管理的方式，大到机构设立、目标确定、经费供给，小到人员管理、具体业务活动组织等，几乎全部都要依靠政府。这种事业单位管理体制有明显的弊端。具体表现为:（1）政事组织不分。政府部门与事业单位之间缺乏严格的组织界限，事业单位依附于政府部门，甚至有“一个机构两块牌子”的行政事业混编机构。事业单位套用行政级别，建立科层制组织形式，按行政机关的形式运行，形成行政化、官僚化组织模式和运行方式，如副部级高校、正厅级高校、副厅级高校、部级报社、厅级报社、部级医院、厅级医院、处级医院、科级医院等。（2）政事人事管理不分。虽然21世纪以来实行了公务员制度和事业单位全面聘用制，但行政事业人员一体化问题依然突出。现实中的“全员聘用”基本是“全部聘用”，事业单位人员的“事业身份”“国家干部身份”并未根本取消，能上不能下、能进不能出的问题未能解决，体现事业单位特点的领导干部选拔任用机制尚未形成。（3）政事产权不分政府为事业单位无偿提供建设资金和运营资金，事业单位的日常运营和基建设高度依赖政府财政；行政机关与事业单位实行资产一体化管理，按照一种体制进行管理。事业单位缺乏独立的财产权，主管部门调用事业单位财产情况经常发生。有的事业单位依托行政权力创收。（4）缺乏科学、严格的激励与约束机制。受惯性因素的影响，事业单位的内部事务仍要接受严格的计划管理，机构及个人都缺乏积极性，运行效率低下。（5）体制僵化、忽视市场作用。人们形成了一整套与计划经济体制适应的观念，认为科学、教育、文化、体育、卫生等活动都属于“事业”，凡是“事业”都应该由政府举办，并应由财政供给经费，“事业”不应进入市场等，这些观念影响了事业单位的改革。（6）法制不健全。缺乏公共事业组织单行法，现行的《社会团体登记管理条例》和《事业单位登记管理暂行条例》都属于程序性法规，以行政法规的形式出现，层次较低，立法的权威性不足，约束力不强此外，还存在政府监管体制不健全，公共事业运行机制效率低下和财务管理不严，资金严重浪费等不良现象。事业单位被认为是计划经济的最后堡垒。
2.社会主义市场经济体制建设与事业单位改革
事业单位的改革始于1984年的城市经济体制改革。事业单位的改革是分行业进行的，科技体制、教育体制、卫生体制、文化体制等各项改革决定陆续出台。其中文化事业单位采取了“事业单位，企业化管理”的思路，允许文化事业单位向工商行政部门申领营业执照，合法开展企业化经营活动。1989年1月，财政部发文，根据事业单位是否有“稳定的经常性业务收人”，将国家预算内事业单位区分为“全额预算管理”“差额预算管理”和“自收自支管理”三种类型，这标志着“预算内事业单位”在性质不变的情况下被区分为