目前事业单位缺乏专业的人事档案管理人员，大多数人事档案管理人员身兼数职，导致没有足够的精力投入档案管理工作。此外，随着人事档案管理人员的调动与离职，未完成交接导致档案管理混乱，有时甚至导致档案丢失等情况。由于人事档案管理人员缺乏专业的档案管理技能，导致档案存放错乱，人员变动时不能够及时对人事档案进行调出或调入，不仅影响了员工的利益，也对事业单位的管理产生了不利影响。
以上情况的出现，除了客观因素不可避免外，还存在着主观因素：1）事业单位人事档案的管理制度，收集、整理、编目等档案的整理规范不健全，人事档案管理工作没有制度的制约，没有规范所遵循，人事档案管理质量自然就难以保证。2）通常事业单位对人事档案管理人才的培养不重视，很多单位也因此减少对人事档案管理人员的配备，减少对人事档案管理工作所投入的资金，导致了人事档案管理工作得不到必要的保障，影响了人事档案管理工作的健康发展。3）随着科学技术手段的不断更新，人事档案已经普遍采用信息化手段来进行管理。但在人事档案管理工作中，有些先进的技术手段还没有被使用，计算机技术还没有在事业单位人事档案管理工作中广泛地运用，不利于提高人事管理效率，同时也造成一定的人事档案管理资源的浪费。这就导致了当下的事业单位人事档案管理模式存在弊端。