事业单位绩效工资由基础性绩效工资和奖励性绩效工资构成。基础性绩效工资包含岗位津贴、生活补贴，是员工收入相对固定的部分；奖励性绩效工资是根据员工的工作效率和业绩贡献而分配，属于浮动部分。奖励性绩效工资在事业单位薪酬分配制度改革中占有一定的比例，通过岗位绩效考核实现。因此，制定科学合理的岗位绩效考核体系，实行按劳分配，体现员工有所付出就能有所得，可以有利于调动员工的工作积极性，最大程度挖掘员工自身的工作潜力，提高工作效率，为单位带来更大更长远的发展。
事业单位由于行业、性质各有不同，具有各自的特殊性，岗位职责和工作量更是各有不同，千差万别。一直以来，制定科学、合理的绩效评价制度成为事业单位的难题。与企业相比，事业单位的绩效评估相对复杂，很多岗位的职责内容是通过工作流程来体现，要开展全面、合理、有效的评估困难不少。受传统管理模式的影响，目前很多事业单位绩效考核仍然采用年度考核方法，实施过程中容易受主观意识和外部因素的影响，造成工作业绩与考核结果相分离，导致职工出现情绪不稳、懈怠工作等负面情绪。
事业单位绩效工资制度改革中，绩效评价是绩效工资分配的依据。绩效评价制度要明确每个岗位的绩效考评标准，应结合实际岗位技术含量、工作环境、工作时长、工作难度等特点，区分不同岗位考评内容和侧重点，确保绩效考评的合理性。同时，还要依靠相关人员组成一个考评组，可以较好地避免绩效评价过程中可能出现的主观、片面因素。通过对绩效评价制度的不断优化，增加员工对绩效考评的认可度，从而充分发挥绩效工资的激励作用。