党的十八届三中全会指出，处理好政府与市场关系是全面深化改革的核心问题，而供给侧结构性改革作为推动当前经济发展的重要举措，更需要处理好政府与市场关系。
首先，供给侧结构性改革作为一项综合性战略措施，涉及面广，需要在诸多方面理顺政府与市场的关系。供给侧是与需求侧相对应的概念，主要是指产品或者服务的供给方，包括劳动、资本、技术等要素供给及相关制度等相关因素。供给侧结构性改革实质上就是通过相应的结构调整，提高供给质量层次，提升全员要素生产率，进而促进供给与人们不断变动的需求相匹配，最终推动经济持续健康发展。而从当前供给侧方面存在的问题看，主要问题背后都与体制性因素有关。例如，产能过剩问题就与我国长期在部分领域投资过多有关，其中尤以基础产业最为突出，而在政府主导基础设施投资的情况下，这些行业的产能过剩形成的原因中就包含了体制性因素。要从根本上解决好产能过剩的问题，就必须调整政府与市场的关系。另一方面，供给侧结构性改革的根本目的是提高社会生产力水平，即提高供给侧的生产效率。而要达到这个目标，主要的抓手在于创造良好的企业运营环境及通过政策引导企业将精力集中于核心竞争力的提升，其实质依然是处理好政府与市场关系的问题，防止政府失灵与市场失灵。
其次，供给侧结构性改革的战略支点是创新，而要促进创新也需要处理好政府与市场的关系。我们应该从我国正处于世界经济和技术创新进入调整期的背景下不断实现对发达国家赶超的历史高度去理解供给侧结构性改革④，创新则成为这一改革的战略支点，没有创新，供给侧结构性改革很难达到战略高度。在促进技术创新的政策方面，我国已经陆续出台一系列政策措施。政策优惠幅度提升空间已经很小。已经出台的这些政策对我国自主创新能力提升的作用不尽如人意，重要原因之一是这些政策缺乏政府与市场之间合理关系的支撑，影响了其效果的发挥。例如，部分行业存在明显的垄断，处于垄断地位的企业无须创新便能获取超额利润，因而缺乏创新动力，而其竞争对手也倾向于努力去获取垄断地位，削弱了创新意愿。这种情况下，要促进技术创新，继续单方面加强创新政策优惠的意义不大，必须要从包括协调政府与市场关系等多方面入手，才能取得较好效果。
再次，供给侧结构性改革是在经济新常态背景下的改革措施，需要服务于经济转型的大局。经济新常态主要特征便是经济转型，即从粗放型经济增长模式向集约型模式转变，在此大背景下，供给侧结构性改革实质便是推动经济转型的具体支撑措施，同时供给能力提升和全员要素生产率上升便是经济模式转变在微观层次的展现。而经济模式的转变，需要在政府与市场关系方面做出相应的改变。在粗放型经济增长模式下，政府倾向于通过需求侧相关政策大幅直接干预经济发展，以便保持长期快速增长的发展趋势，最终造成市场容易受到政策干预、政府对市场监管却相对不力的问题；在集约型模式下，则需要政府加强服务与监管职能，并需要摆正政府与市场之间的关系，减少政府直接的干预，形成市场在资源配置中起决定性作用、政府服务与监管能力不断加强的合理关系。可以看出，在经济转型的进程中，必然要求政府与市场关系不断演变。