督察督办事项的基本工作程序如下：
1.立项
凡重大督察督办事项，原则上要按照“一事一项”的要求立项督察。机关秘书要在办公室的领导下，根据上级和局领导的意图，及时提出督察内容、承办单位、办理要求、办复期限等。其他督察督办事项是否立项，则视单位领导的意图而定。涉及两个以上部门承办的事项，立项或承办时都应明确指定牵头单位。
督察督办事项无论是否立项，机关秘书均应通过本单位的公文传递系统，向承办单位发出《督察督办事项办理通知书》；特殊情况下，也可以通过电话、行文、面谈或召开会议等方式，向承办单位交办。对上级领导和本单位领导特别关注或办理难度较大的督察督办事项，办公室可以直接参办。
2.承办、交办、催办与转办
督察督办事项根据单位主要领导的意图和组织的决定，交办给具体负责的职能部门组织实施。
督察督办事项由经办秘书提出拟办意见，报办公室负责人或单位领导批准后进行交办。交办事项原则上应送交相关地方党委、政府或相关工作部门（单位）的办公室或对口工作机构；需要送交上级党政主要负责人的，一般应由相关地方党委、政府或工作部门（单位）的办公室转呈。对上级领导的批示，有关党政部门等交办的督察督办件，由接待的机关秘书登记、送批，然后将情况反馈到督察办公室，再由督察办公室下达交办的通知，并负责催办事项。
经领导批准移交办理的督察督办事项，要及时办理移交手续，并向移交的单位通报有关情况。
3.反馈
对于已经立项的警察督办事项，所涉及的责任单位或牵头单位要在网周内向布置任务的机关办公室报送可操作性强的工作计划，并明确完成时限；完成时限内应根据工作计划的安排，适时反馈工作进展情况、问题和意见建议。阶段性工作任务完成后，要报送简要的工作报告，反馈工作落实情况、存在的问题与意见建议；不能如期完成工作任务的则要说明原 因。未经立项的督察督办事项，承办单位也应在规定时间内办结，并适时向布置任务的机关办公室报送办理情况。
布置任务的办公室要将督察督办事项的落实情况及时向上级交办部门对督察督办事项的汇报材料（包括经有权处理的机关调处理并经复查、复核的汇报材料），要按照“事实清楚、定性准确、适用法律法规和政策正确、处理意见恰当、程序规范、手续完备”的要求，严格审核。汇报材料应由直接交办的承办单位以公文的形式报送；中央、省、市领导批示交办的，应由辖市区（县）或有关部门的领导审核签报；其他单位报送的汇报材料，须由交办的承办单位签署审核意见。
经审核，汇报材料符合要求的，应及时上报或办结存档；不符合要求的，退回原承办单位补充查报或重新查报。
4.检查
对重大督察督办事项的落实情况，机关办公室经单位领导批准，可以组织必要的专项检查。通过检查，总结经验、剖析问题，帮助承办单位解决困难和问题，以推动工作的落实。对重要督察督办事项，办公室可以采用听取汇报、现场查看、查阅资料等形式进行检查；其他督察督办事项的检查方式，由办公室或机关秘书灵活掌握。检查一般每个季度一次，重大或特急事项则视情况需要而定。
对各单位日常工作纪律的执行情况、法规政策的执行和落实情况，采取定期、不定期和明察暗访等形式进行，对督察中发现的问题，及时进行通报。
办公室每半年应自行对开展督察督办工作的情况进行一次自查分析，总结经验，查找不足，研究改进措施，并写出书面材料存档。
5.立卷归档
督察督办事项的立卷归档，按照档案管理的有关规定办理。