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我国农村的公共卫生体系由县级公共卫生机构以及乡镇卫生院和村卫生机构从事防保工作的人员组成，是我国农村疾病防控的第一道屏障。如果此道屏障不能有效地发挥作用或是出现漏洞，将会对社会的公共安全形成威胁，甚至会给社会带来灾难性的危害。建设农村公共卫生体系，其目的就是改善农村的疾病预防控制、基础卫生设施、服务质量等公共卫生工作现状，为农民的健康保驾护航。
目前，我国农村公共卫生体系存在的主要问题是:财政投入不能够满足补偿县级公共卫生机构提供公共卫生服务成本的需要；公共卫生人员水平不高，部分地区数量不足；公共卫生工作的质量亟待提高；农村公共卫生体系“网底”功能弱化，缺乏改善服务质量和稳定队伍的保证机制等。
加强农村公共卫生体系建设，应做到以下几点
（1）强化政府职责。公共卫生投入和工作重点应以全体人民群众的利益和需要为出发点。各级政府应重视农村公共卫生工作，改变目前重“城市”轻“农村”、重“硬”轻“软”、重“专项”轻“日常”、重“高层”轻“基层”的状况。
一是增加投入数量:一方面县级政府应增加辖区内公共卫生的财政投入力度，另一方面中央及省市级政府应加大向农村的财政转移支付力度，保证农村公共卫生工作的正常开展。
二是调整投入结构:将一定的资金从医疗领域转向公共卫生领域，从高层级机构转向基层公共卫生机构目的是根据需要来开展基层的公共卫生工作，使其不受县级财力的影响。同时，逐步使政府成为农村公共卫生服务的主要购买者，以改变公共卫生提供者重有偿服务轻无偿服务的状况。
（2）改革和完善公共卫生管理体制。目前很多问题的产生是分级财政体制以及相应的分级管理体制所致的。可以考虑在公共卫生投入和管理上将分级管理体制改为垂直管理体制，即由上级主管部门根据各县公共卫生的需要统筹安排资金和工作，同时保证乡镇卫生院防保人员的人员经费，并提高村卫生机构防保人员的报酬水平。
（3）加强基层公共卫生服务的制度化建设，制定或完善相关制度。一是建立与服务提供数量、质量和资源配置相关的制度，包括各级各类公共卫生管理机构（人员）的工作范围和职责、各类公共卫生提供机构（人员）的工作范围和职责、公共卫生机构人员和其他资源的配置标准（效量标准和质量标准）等制度；二是建立健全监管制度，通过对基层公共卫生服务提供、资源配置和管理的监管，使相关制度和政策能够落实到位，以缓解目前人力资源和经费严重短缺的问题，确保重点公共卫生工作的落实。
（4）稳定队伍，吸引人才，逐步提高人员素质应逐步加强人员的“入口”管理，并使对根据准入标准进入公共卫生机构的人员进行资质审查的制度逐步到位。现阶段，在人员不足的情况下，应以加强现有人员的培训为主。各级主管部门和各公共卫生机构应制订出人员的培训计划，有重点、有步骤地开展人员在职培训提高服务水平，改善服务质量。
（5）建立有效的激励与约束机制，并加强监管。尽快建立吸引人才、稳定队伍和加强管理的长效激励与约束机制。通过政策（职称、分配、福利、工作绩效等）调动公共卫生服务提供者与管理者的工作积极性，提高工作质量，吸引和鼓励卫生人员长期从事农村基层公共卫生工作。同时加强对公共卫生提供和管理行为的监管，通过约束机制给工作质量不高的机构和人员以压力。