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商品药材的质量常有很大差异。为了确保临床用药的安全、有效和质量的稳定、均一，必须保证所有中药的质量。中药的品种、产地、采集、炮制及贮存等各个方面，对中药材的质量均可产生重要影响，并直接影响临床疗效。
一、中药的品种
中药材的内在质量与其品种生物学特性有着直接的联系。在影响中药质量的因素中，物种是至关重要的因素。中药活性成分多来源于次生代谢产物，不同种类的药用植物由于遗传特性的不同，合成与积累次生代谢产物的种类及数量可能存在差异因此，生理活性和医疗作用也不同。中药的同名异物、同物异名现象普遍存在，中药品种的发展变异对其药性和临床疗效均会产生一定影响，进而严重影响临床应用的有效性和安全性。
二、中药的产地
中药主要来源于天然的植物、动物和矿物，这些药物的生长和形成取决于所处的自然环境条件。因此，中药的分布和生产离不开一定的自然条件中药材的产量及质量具有明显的地域性特色，并逐渐形成了“道地药材”，即优质纯真药材的专用名词。如重庆的黄连、四川的川贝母、云南的三七、甘肃的当归和宁夏的枸杞等均是著名的道地药材
三、中药的采收贮存
中药的采收与贮存是否合宜，直接影响中药中有效成分的含量，进而影响其临床疗效根据不同中药的生长特性进行适时采收可提高其质量。如果贮存不当，就会产生诸如虫蛀霉变、变色、走油、风化等各种变质现象，降低质量和疗效。一般药材应保存在清洁、干燥通风的环境里。
四、中药的炮制
中药在产地加工后往往还要经过适当制处理才能应用于临床或供制成各种成方制剂炮制是我国的传统制药技术。中药药效的物质基础是其所含的化学成分。药材在炮制过程中有可能会对化学成分的质和量产生影响，从而影响中药的质量。中药炮制的目的包括增效、减毒、纠性、保质量、矫臭味等。具体方法包括净制、切制、炒、炙、制炭、煅、蒸、煮、炖、煨、发酵、发芽等。