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在行政组织系统，为确保政府与其职能部门各司其职、各负其责，政府与部门各自的发文权限是明确界定的:凡是涉及全局的、带有方针政策性的重大问题，应以政府的名义行文；凡是具体行政事务方面的问题，应以办公部门的名义行文；凡属各职能部门职权范围内的业务问题，都应当以职能部门的名义行文。
部门行文，必须注意以下几点:
1.部门之间可以正常行文
属于上级主管部门职权范围内的具体问题，下级业务部门应当直接报送上级主管部门处理，例如省教育厅可以直接行文给教育部；上级主管部门亦可以直接向下一级政府的相关业务部门行文，如卫生部可直接向省卫生厅下行文件；同一政府的各部门依据部门职权可以相互行文及联合行文，如财政部与国资委既可以互相平行发文，也可以对外联合发文。
2.上级政府部门与下级政府之间有限制行文
上级政府各工作部门与下级政府之间没有隶属关系。根据新《条例》第十六条的规定，政府的办公部门（厅、室）根据本级政府授权，可以向下级政府行文，其他部门和单位不得向下级政府发布指令性公文或在公文中向下级政府提出指令性要求。需经政府审批的具体事项，经政府同意可由政府职能部门行文，文中需注明类似已经政府同意的字样。例如，教育部等六部门所发的一份通知，主送机关是“各省、自治区、直辖市人民政府，国务院各部委、各直属机构”，其正文为:“经国务院同意，现将《关于东西部地区学校对口支援工作的指导意见》印发给你们，请遵照执行。”像这样被本级政府授权后向下一级政府发下行文的事情，在实际工作中是屡见不鲜的。
3.部门内设机构除办公厅（室）外不得对外正式行文
“部门内设机构除办公厅（室）外不得对外正式行文”，这是新《条例》第十七条的明确规定。所谓部门内设机构，指的就是政府各部门里设的工作机构，例如省政府办公厅下设的文电处、省财政厅下设的预算处等。它们不可以向外行文如需对外行文，应以省政府办公厅、省财政厅等的名义。这个规则要解决的是“部门内设机构越权发文现象十分突出”，造成文件过多的问题。一旦发现这种问题，“要立即予以撤销”。
（六）协商一致方可行文的原则
新《条例》第十六条明确规定:“涉及多个部门职权范围内的事务，部门之间未协商一致的，不得向下行文；擅自行文的，上级机关应当责令其纠正或者撤销。”
行文部门的行文事项，时常涉及其他部门的职权范围。遇此情况，文件的主办部门在行文前必须主动与有关部门就有关问题进行协商，取得一致意见后方可行文如果协商出现分歧，主办部门的主要负责人应当出面协调以求意见一致如仍不能取得一致，主办部门可以如实列出各方理据，提出建设性意见，并与意见分歧的部门会签后上报彼此共同的上级机关，提请上级机关协调或裁定。
如果文件主办部门没有就有关问题与相关部门协商，或虽经协商而双方未取得一致，便不得各自向下行文。因为意见不一而各发其文，既有损于公文的严肃性、权威性，又使得下级无所适从。如擅自行文，上级机关有权责令其自行纠正或以上