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职能协调是指两个或两个以上行政组织职能之间关系的调整。行政组织职能是个系统，行政组织职能对环境的作用不是彼此孤立的，而是互相制约、互相影响的由于各自在系统中的地位和作用不同，构成行政组织职能之间的不同关系:
1.平行关系，是指处于同一层级不同序列的行政组织职能之间的分工协作关系。政治职能和文化职能都是行政组织的基本职能，它们之间的关系是平行的分工协作关系。社会职能中的指导职能和保障职能，也是同一层级平行的两个方面，体现了分工协作的关系。
2.主次关系，由于处于同一层级不同职能的重要性不同，职能之间表现为主次关系，主要方面决定次要方面，次要方面影响主要方面。在社会主义现代化建设的新时期，经济职能是行政组织的主要职能，相对于经济职能的政治职能、文化职能和社会职能则是次要的职能。
3.从属关系，指处于同一序列不同层级行政组织职能之间的关系，次一级组织职能是上一级组织职能的组成部分，上一级职能包括次一级职能。政治职能和保卫职能政治职能和镇压职能，就是这种从属关系。政治职能包括保卫镇压职能，保卫、镇压职能是政治职能的组成部分。
4.环节关系，指处于同一序列同一层级不同行政组织职能，构成职能运行同一链条的不同环节，后一个环节是前一个环节的直接继续，前一个环节影响后一个环节这样环环相扣，形成行政组织职能的动态运行轨迹。如计划职能组织职能和控制职能，一环紧扣一环，那一个环节出了问题，都要影响下一个环节，甚至影响整体效能。
5.交叉关系，指处于同一序列同一层级的两个行政组织职能之间部分包含，互相制约，你中有我，我中有你，构成彼此交叉关系。文化职能中的教育职能与科技职能，政治职能中的保卫职能与镇压职能，两个职能之间部分重合彼此交叉，互相影响。
行政组织职能之间主要有以上五种关系。职能协调就是调节这些职能之间关系的关系，使他们之间能够和谐发展，互相促进，形成合力，共同作用于行政管理的客体当前主要应当解决主次不分和顾此失彼这样两个问题。
主次不分就是抓不住关键重点，平均使用力量，分不清主要矛盾和次要矛盾。这也是个思想方法和工作方法问题，抓主要矛盾也叫抓中心环节，行政组织在发挥职能要统观全局，突出重点，处理好主要职能和次要职能之间的关系。对主要职能要抓住抓好，以主要职能带动次要职能。主要职能和次要职能是相对的、有层次的、可变的。社会主义整个历史时期行政组织的经济职能是主要职能，但在出现政治风波的情况下，政治职能应暂时成为主要职能，平息政治风波后，就应把恢复秩序和发展生产作为主要职能。
顾此失彼就是一条腿走路，孤军深入，不讲协调和配合。引进了资金和技术，忽视了抵制资产阶级思想的侵蚀。发展了商品经济，忽视了克服商品经济可能产生的消极作用和不正之风，如此等等。这就要求行政组织在发挥职能时掌握“弹钢琴”的艺术，注意职能间的平衡协调、过渡衔接、弹性和活力，做到张驰有致，抑扬顿挫，才是一首美妙的音乐。否则，顾此失彼，丢三落四，杂乱无章，只能是噪音。