管理工作是稻田养鱼成败的关键，必须抓好以下几项内容：
（一）专人管理，注意防逃
养鱼稻田要有专人管理，每天检查巡视，做好防洪、排涝和防逃工作，特别是在大雨天要防止田水漫埂、冲垮拦鱼设备，造成逃鱼。平时注意清理及维修进、排水口的拦鱼设备，晒田前要疏通鱼沟和鱼溜，田埂漏水要及时堵塞。
（二）适时调节水深
养鱼稻田的水深最好保持在7~16厘米。养鱼苗或当年鱼种的水深保持10厘米左右，待秧苗发蔸拔节以后水深应加到13~16厘米。
（三）病害防治
定期用药物对鱼苗鱼种进行杀虫或消毒能有效地防止鱼病的发生。应掌握鱼病的流行季节，在发病前采取药物预防鱼病。除了药物预防鱼病，还要防范鱼类的敌害生物，稻田中危害鱼类的敌害有泥苔、水网藻、水蜈蚣、蜻蜓幼虫、水斧虫、红娘华、水蛇等。鱼放养后还要防止鸭子下田，避免其吃鱼。
（四）施用化肥
用化肥做底肥时，一般可在整田前施用，对鱼无害。追肥时，每亩每次的安全用量分别为尿素或碳酸氢氨5~7.5千克、硫酸铵10~15千克、过磷酸钙5~10千克、氨水25千克，氯化对类生长不利，应少施或不施。用有机肥进行追多次、分片施撒。
（五）使用农药
在稻田养鱼中，施用农药时，应先了解鱼类对常用农药的忍受程度，禁用剧毒农药。使用农药除要准确计算用量外，还应注意撒药方法。通常粉剂农药在早晨有露水时使用，水剂农药要尽量喷洒在水稻茎叶上。
（六）晒田
晒田对水稻生产是一项增产措施。其目是使禾苗粗壮、根系发达、控制分蘖。为了解决养鱼与晒田的矛盾，可以先将鱼种赶入鱼沟、鱼溜中，再排干田水晒田。不过，养鱼稻田也可不进行晒田，一是由于鲤鱼有松动土壤，有利于水稻根系发育，同样达到了晒田的目的；二是在养鱼稻田中可加深田水来控制禾苗的无效分蘖。因此，养鱼稻田中更多采用深水灌田的方法来代替晒田。