公文应予登记的环节，一般来说，应选择在公文运行或办理中状态发生变化的地方，如位置、方位、管理人员等变化应予登记，登记时应便于简便地随手完成，注意避免重复，注意针对不同类别公文分门别类地采用各种不同方法进行登记。
常用的收文登记的方法主要有按收文时间顺序依次登记、按收文内容性质登记、按来文机关登记、按公文类型登记四种方法。前两种方法适用于公文数量少的机关；后两种方法适用于有固定来文、且收文数量较大的机关。收文登记后，应对公文进行分流。在收文登记过程中，通过翻阅公文了解到其自身的性质、内容等信息，分清阅知件与办理件，急件与平件，秘密公文与非秘密公文，同时根据办文程序、规定或惯例，可以对公文进行初步分流：领导亲启件径送领导者个人；业务性公文按业务分工径送各业务部门；综合性公文径送综合办公部门；只需阅知的公文直接组织传阅；需要办理而无明确办理部门、办法、措施的公文应直接送领导人或综合办公部门负责人进行批办或拟办。登记过程中对公文的分流工作，可使繁杂的收文变得主次分明，缓急有序，使各类公文尽快得到实质性的有效处理。