事业单位基本养老保险制度暂不纳入社会保险体系在目前的利益格局下，事业单位退休员工的待遇水平明显高于企业养老保险制度的养老金待遇，将其纳入原有的社会保险体系显然会使职工利益受损，从而遭到极大的反对。医疗保险也存在类似情况，即需将事业单位职员的待遇从公费医疗的90％降至65％左右。但是，如果将纳入到原有社会保险体系的事业单位基本养老保险待遇和医疗待遇都提高，则会加剧原有社会保险体系的财政紧张状况，是国家财政所不能承受的。近几年，中央财政每年须支付400亿元以上的资金用于维持现有养老保险制度的运转。况且在同一个社会保险体系下存在不同的养老金待遇支付本身也是极不合理的。
因此，为事业单位职工建立起独立于原有的社会保险体系的社会保障计划是现阶段的合理选择。但这一事业单位职员的社会保障计划应与我国经济发展水平相适应，准确测算养老保险、医疗保险、失业保险的缴费比例以及养老金计发办法，将保障水平控制在国家财政可承受范围内。
此外，事业单位的社会保险制度应考虑今后与企业社会保险制度相衔接的可能性，为制度接轨预留必要的空间。这就需要在单位和个人保险费用的缴纳比例、个人账户中缴费工资的比例等方面作精心计 算。