从历史的经验出发，从减低制度安排社会风险的角度着眼，政府组织机构设计应遵循的基本原则如下。
1.民生为先的原则
公共机构改革的根本目标是安民、便民、利民和富民。以科教文卫为主体的事业单位是政府向人民群众提供公共产品和服务的基本部门，这些部门服务水平和服务质量的高低是评价政府好坏的主要标准。公共投入的顺序应以民生为先，这不仅事关社会公平公正问题，而且直接影响社会经济发展的整体质量。在公共部门的设计上首先要考虑足民众的基本需求，以保证人民群众看得起病、上得起学，能在物质文化上得到基本满足。
2.实践与经验原则
正如马克思指出的，社会生活在本质上是实践的。任何制度的设计，只能来自于实践，社会实践是第一位的，而经验是反复实践的沉淀和积累。就政府体制而言，建立在长期积累的传统之上的政府体制往往优于建立在推理基础上的体制，因为这种优越性恰恰在于经历过历代经验的积累和考验。任何制度性的设计，都会受到社会因素的制约，这些因素都会以残留形态，不断被人类的记忆所重复，由此形成强大的传统惯性。因此社会制度及其他制度性的变迁、设计、改革、创新都存有一种“路径依赖”的惯性。进行制度设计时，必须充分考虑和顾及到文化传统、信仰体系这些带有根本性的制约因素。
3.试错与修补的原则
社会组织机构的不断完善，是一种试错和校正的过程，制度设计不是实现“最优”的艺术，而是关于“可能”、“次优”的艺术。在政府行政领域，需要更多的“摸着石头过河”的审慎态度和“千淘万漉虽辛苦，吹尽黄沙始得金”的负责精神，避免为追求尽善尽美、美仑美奂的理想目标，而放弃实践探索的尝试，或走向极端而导致大规模的非理性盲动主义。要把制度设计作为一门“渐进技术”，要把它看作是一种对原有事物自我修缮的工作。尤其在采撷发达国家的作法时，须汲取其精神而切不可生搬硬套，因为国情国力不同，更重要的是其背后还有个文化背景问题。这方面我国有深刻的教训，如20世纪50年代初期将所有涉及意识形态的文教科卫等单位统统列入国有，成为由国家统包起来的事业单位，而目前改革又试图将其推向社会，追求“产业化”、“市场化”、“社会化”，这些都是不可取的。