事业单位提供公共服务，其绩效特征与企业有较大的差异，是公共部门绩效的重要组成部分。企业绩效以利润率为核心，总体上具有客观性、可测量性；事业单位重在公益和服务，绩效目标、产出和成本核算等都存在一定的特殊性。
（一）绩效目标的复杂性
事业单位的根本目的在于维护和实现公共利益，而公共利益本身的复杂性决定了事业单位的服务目标较之企业更难以界定。举个例子，公共利益通常代表着社会的长远利益需求，但短期服务行为的长期影响却难以预见。如学校以培养人才为目标，但“十年树木，百年树人”，其人才培养对社会的意义并非现时的学业成绩所能完全体现的。
（二）成果和效益的潜在性
事业单位以提供文化、精神产品为主，“它的产品既不是鞋，也不是规制，而是改变了的人”，包括那些“治好的病人、乐于进取的孩子、年轻男女成长为具有自尊的成人．......总之，一个改变了的新的生命”。事业单位的成果形式通常就是服务过程或服务行为本身，其潜在的价值对公众的意义比有形的产品可能更大、更重要，具有难以量化测量的特点。
（三）财务运行的特殊性
事业单位运行以财政支持为基础，包括财政保障和财政补助两种形式，但都应纳入政府预算管理。财政支持更多取于单位规模和等级规格，特别是受到政府工作重点转移的影响。如“非典”发生后，疾病预防工作受到政府和社会的关注，预算规模就大大增加，而这与单位本身的绩效状况没有直接关系。美国管理学家德鲁克曾指出：“服务机构完全依靠编制预算取得拨款，其经费是从总税收中调拨或来自捐款，其收入与工作好坏无关。”他认为，在以预算为基点的机构中，“效益”就是更大的预算开支，工作意味着保持或增加其机构预算数字的能力。我国事业单位存在创收行为，很多事业单位有“创收指标”，事业单位的营利冲动与公益性之间的冲突已引起诸多社会问题。
（四）服务行为的专业性
事业单位服务具有知识性、专业性，在事业单位与其主管者及服务对象之间，存在着严重的信息不对称问题，通常导致外部监督者和服务对象难以对其服务行为进行科学合理的评判。如在医疗纠纷中，患者所受损失往往难以判定是医疗处理不当还是患者身体特质造成的；在教学过程中，学生的成绩状况在很多情况下也很难确定是应归因于教学方法还是学生的努力程度。
（五）评价标准的多维性
事业单位的绩效评价需要兼顾公平性、必要性、经济性、回应性等多维标准，其中还存在一定的价值冲突。如从公平角度来看，对特殊利益群体的高标准服务可能具有高绩效，但会损害社会公平，不符合公共利益；从必要性来看，事业单位从事市场经营服务可以取得丰厚经济收益，但这些服务可能无须公共机构参与和提供；从经济性来看，尽管“成本－效益”对事业单位非常重要，但经济收入却不应成为其追求目标；从回应性来看，事业单位服务的满意度可能因社会群体利益的不同存在较大差别。
同时，事业单位公共服务还受到复杂的环境因素的制约，经济社会发展水平、国家公共服务规划、政府公共服务政策、事业单位体制机制等都会影响其绩效状况。