与国家机关的区别
从职能上看，国家机关是维护统治阶级的利益，促进国家政权建设，实现宪法与法律所赋子的权力。事业单位则是为全社会创造或改善生产条件，满足人民文化、教育、科学卫生等方面的需要。
从组织形式来看，国家机关是实现国家职能而建立的机构的总称，包括国家权力机关国家行政机关国家检察机关国家审判机关等。事业单位则是一个为全社会服务的独立的事业组织，这种组织不论人数多少、地位高低、重要程度大小所承担的社会职能都是共同的，所具有的法律地位都是平等的。
从使用的编制和经费来源看，国家机关配备的是行政编制，其经费均由行政费开支。事业单位配备事业编制，其经费来源可以分为全额拨款、差额拨款、自收自支等形式。
二、与社团的区别
从性质和作用来看，社会团体是民间的团组织，是相对独立的社团法人，主要起到联系群众的纽带作用。而事业单位则是社会生产的重要组成部分，是相对独立的事业法人，并起到促进社会福利满足人民的物质和文化生活的需要的作用。
从组织形式来看，社会团体是按照章程规定依法登记，自发组成的联合体，有紧密和松散之分。紧密的有实体办事机构松散的无实体办事机构。而事业单位是一个独立的事业实体相当一部分事业单位都是由国家出资主办或由国家授权机关批准主办的，所以，必须接受国家的管理。即使由社会、集体或个人主办的事业单位，也必须接受国家或国家委托的行业的管理。
从编制配备来看，社团由于种类较多，配备的编制性质多种化有的使用事业编制，有的使用行政编制有的设在企业。而事业单位只配备事业编制一种。
三、与企业单位的区别
从职能的性质来看，企业单位所从事的生产经营活动是以获取利润为主要目的，而事业单位则主要是向全会提供服务，不是以赢利为主要目的，从配备编制的功能来看，企业有权自主决定机构和人员定额，而事业单位特别是国家主办的事业单位则受到各种条件的制约，由财政开支，必须由国家确定其机构职责、编制、领导职数。