发文机关标志是公文版头部分的核心用套红大字居中印在公文首页上半部，字体要庄重、规范、美观、大小适度（一般应小于上级机关的字体大小）。主要有两种形式:一是发文机关全称或者规范化简称加“文件”二字；二是发文机关全称或者规范化简称。联合行文时，可并用联合发文机关名称，一般主办机关排列在前；也可单独用主办机关名称民族自治地方的公文，其发文机关标志可并用少数民族的文字和汉字印刷，少数民族的文字排在汉字的上方。发文机关标志上边缘至版心上边缘为35mm，推荐使用小标宋体字，颜色为红色，字号应不大于上级机关的发文机关标志，以醒目、美观、庄重为原则。联合行文时，如需同时标注联署发文机关名称，一般应使主办机关名称在前，“文件”二字置于发文机关名称右侧，上下居中排布。
发文机关标注存在的主要问题有:一是发文机关标志不规范，有的发文机关的字体、字号大小不规范。二是有的发文机关标志与发文机关署名或印章不一致，如用“××局”的发文机关标志，文机关名或印章却是“××局处”或“××局办公厅（室）”等。三是有的基层单位的发文机关标志字号大于上级机关发文机关标志的字号。