绩效工资改革的实施是一个渐进的过程，国家明确了事业单位绩效工资改革的过程是一个“三步走”的路径。
1.事业单位绩效工资改革“步走”策略内容
第一步从2009年1月1日起先在义务教育学校实施；
第二步配合医药卫生体制改革，在公共卫生单位、基层医疔卫生单位实施绩效工资。从2009年10月1日起，在疾病预防控制、健康教育、如幼保健、精神卫生、应急救治、采供血、卫生监督等专业公共卫生机构和乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构等基层医疗卫生事业单位实施；
第三步从2010年1月1日起，在其他事业单位实施事业单位实施绩效工资的同时，对离退休人员发放生活补贴。
2.对绩效工资改革“步走”策略的解读
绩效工资改革“三步走”是一个从原来的“平均主义到现在的“绩效主要”的过程，改革势必会面临诸多障碍和困难（1）做到整体推进与重点突破相结合事业单位的绩效资改革不仅涉及事业单位工资制度的改革变化，也牵涉事业单位其他改革方案的落实，它是一个系统的工程，牵一发而动全身。绩效工资改革内涵复杂，涉及面广，将各个行业、各项制度和各个层面的改革有机协调起来，形成整体推进的态势同时，要根据相关事业单位的发展要求与改革的实际进程相联系、有重点、分层次地进行改革，分步实施，逐步到位所以实行“三步走”要将教育和医疗卫生行业作为改革的先期试点。这两个行业的特殊性以及对工作人员较高的技术要求，其收入与本身的教育成本与技能的高低都是不成比例的，有失分配公平，将这两个行业作为改革的重点单位，循序渐进，由点及面，点面结合，逐步将绩效工资改革推到各个行业中去。
（2）注意政府主导与多方参与相结合。由于中国过去的几十年实行的计划经济体制和事业单位的“平均主义”，使得事业单位在绩效工资改革的过程中必定遭到各个层面的阻力，这就需要政府出面对改革进行推进，并且进行有效的实施和监督。在建立与当前经济体制相适应的事业单位工资体制的过程中，政府的主导作用是不能弱化的。
事业单位是带有公益性的组织，在推行“三步走”的过程中，需要多方努力、共同参与，将国家、政府、市场、社会的力量相结合，尤其是要充分调动事业单位工作人员的积极性和主动性，全方位地配合这次改革。
（3）在改革中必须有充足的财政保障。事业单位要想顺利的推行绩效工资改革，就必须要有充足的财政保障，尤其是对于义务教育和基层医疗这样的国家全额拨款的行业来说。但在这方面，情况并不乐观。因为承担财政保障重任的很大一块是地方政府，特别是县级政府。很多县财政解决公务员的工资本身就很勉强，不可能将更多的政府收入投入到这块。所以，政策落实的难点在于资金来源问题，应该建立一个由多级政府共同承担的绩效工资来源机制。
（4）改革实施过程中要注意工资总量调控与分配自主权的平衡问题。政府对于事业单位工资的管理实行总量调控，根据事业单位的性质、经费来源和收支情况应该有所不同:对全额拨款的单位，严格执行国家工资政策管理规定；差额拨款单位实行工资总量与社会效益和经济效益相结合的动态管理形式，单位对其收支余额有一定的分配自主权；自收自支的单位分配自主权大，实行浮动工资总额的管理形式，完全与单位收益挂钩。在工资总量调控下，不同类型的事业单位应充分运用分配的自主权，采取依据岗位定酬、依据绩效定酬、生产要素参与分配等多种分配形式，充分调动广大职工的积极性，吸引人才和留住人才。