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新《条例》第十六条明确规定:“涉及多个部门职权范围内的事务，部门之间未协商一致的，不得向下行文；擅自行文的，上级机关应当责令其纠正或者撤销。”
行文部门的行文事项，时常涉及其他部门的职权范围。遇此情况，文件的主办部门在行文前必须主动与有关部门就有关问题进行协商，取得一致意见后方可行文；如果协商出现分歧，主办部门的主要负责人应当出面协调以求意见一致；如仍不能取得一致，主办部门可以如实列出各方理据，提出建设性意见，并与意见分歧的部门会签后上报彼此共同的上级机关，提请上级机关协调或裁定。
如果文件主办部门没有就有关问题与相关部门协商，或虽经协商而双方未取得一致，便不得各自向下行文。因为意见不一而各发其文，既有损于公文的严肃性、权威性，又使得下级无所适从。如擅自行文，上级机关有权责令自行纠正或以上级机关的名义予以撤销。
从以往的情况米看，“撤销下级机关不适当的决定”曾是命令的一种用法，而能够使用命令的发文机关是很少的，所以“撤销”之事实际上缺乏力度；现在，“撤销下级机关不适当的决定事项”成为决定的用法之一，决定是不受使用权限约束的一个文种。这一改动，表明了国务院解决政令不一、各行其是问题的鲜明态度。