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事业单位在工资结构上分为固定部分和活的部分两大块。固定部分主要体现工作人员的学历、资历以及水平高低、责任大小；活的部分主要体现工作人员实际工作量的多少、效益大小和岗位差别。
事业单位的工资构成比例按经费预算分全额拨款、差额拨款、自收自支三种不同类型分别确定并实施管理。全额拨款单位，贴部分占基本工资的30％；差额拨款单位，津贴部分占40％；自收自支单位，根据单位的实际情况，津贴部分占的比例可更高一些，但最高不得过50％。对于收取各种规费和管理费为收入来源，从事管理活动的自收自支单位，其工资构成比例一般按全额拨款单位确定。
（3）机关事业单位工人工资制度
机关、事业单位工人分为技术工人和普通工人两大类。
机关工人根据其劳动特点，技术工人实行岗位技术等级（职务）工资制，基本工资由岗位工资、技术等级（职务）工资、奖金三部分组成；普通工人实行岗位工资制，基本工资由岗位工资和奖金两部分组成；机关工人的奖金在工人基本工资中的比例为30％，根据对工人劳动实绩、劳动态度、服务质量的考核确定。
事业单位工人、技术工人实行技术等级（职务）工资制，基本工资由技术等级（职务）工资和岗位津贴两部分组成；普通工人实行等级工资制，基本工资由等级工资和作业津贴两部分组成
（4）地区津贴和岗位津贴制度
地区津贴制度是现行工资制度妥善处理机关事业单位工作人员工资关系的一项重要措施，是对原有工资区类别制度的重大改革国家统一制定全国机关、事业单位工作人员的工资政策、工资制度和工资标准，在此前提下，考虑到全国各地在经济发展水平、物价水平、自然地理环境以及地方财政承受能力等方面差异很大，因此，通过建立地区津贴制度来体现不同地区机关、业单位工作人员的工资差别。除实行地区津贴外，对在特殊岗位工作的机关事业单位工作人员，实行岗位津贴、补贴岗位津贴、补贴是国家对特殊工作岗位上的工作人员给予的额外劳动报酬。
（5）建立正常增资机制
正常增资机制，是机关、事业单位工作人员现行工资制度的重要组成部分和运行机制，没有正常增资机制，机关事业单位工作人员的工资制度就无法正常运转。正常增加工资主要有以下三种途径。
一是考核晋升职务工资档次和级别工资。机关工作人员在严格考核的基础上，考核结果为称职以上的，每两年可以在本职务工资标准内晋升一个工资档次。事业单位工作人员在严格考核的基础上，凡考核合格的，每两年可在本职务工资标准内晋升一个工资档次；对少数考核优秀并作出突出贡献的专业技术人员，可提前晋升或越级晋升职务工资。机关工作人员连续5年考核称职或连续3年考核优秀的，在本职务对应的级别范围内晋升一级级别工资。
二是晋升职务、级别后增加工资。工作人员晋升职务时，按晋升的职务相应增加工资。技术工人技术等级（职务）晋升后，按晋升的技术等级（职务）相应增加工资。机关工作人员晋升级别后，可相应增加级别工资。机关工作人员职务晋升后，级别工资可根据新任职务和工作年限按国办发〔199385号文件附表一《级别确定表》的对应关系确定。
三是定期调整工资标准。为保证机关、事业单位工作人员的实际工资水平随着经济的发展逐步增长根据经济发展情况、企业相当人员工资水平状况和物价指数变动情况，定期调整机关事业单位工作人员的工资标准。
（6）改革奖金制度
在严格考核的基础上，对年度考核优秀和称职（合格）的工作人员，年终发放一次性奖金，奖金按本人当年12月份的月基本工资计发。
6.2006年工资制度改革
根据国务院关于改革公务员工资制度的通知》国发〔200622号）《公务员工资制度改革实施办法》（国人部发〔2006258号）、关于印发事业单位工作人员收入分配制度改革方案的通知》（国人部发200656号）、《事业单位工作人员收入分配制度改革实施办法》（国人部发〔200659号），2006年进行了机关事业单位工资制度改革，这是新中国成立以来第五次大的改革。与以往历次工资制度改革相比，这次改革涉及内容较多，主要有四个方面，一是机关公务员实行职务与级别相结合的工资制度:二是事业单位实行岗位效工资制度；三是完善机关事业单位的津贴补贴制度；四是调整机关事业单位离退休人员待遇。
（1）关于公务员职级工资制度改革
一是改革工资制度和清理规范津贴补贴相结合。这次改革公务员工资制度，从一开始就与清理规范津贴补贴紧密结合。清理规范公务员津贴补贴，既是规范公务员的收人分配秩序，也是为改革制度创造条件目的是通过改革建立严格的国家统一的工资制度，通过规范秩序促进严肃纪律建立起新的收入分配机制，为今后继续深化改革奠定基础。因此这次改革不是简单地增加工资。一方面，在清理津贴补贴、摸清底数的基础上，结合公务员职级工资制改革，将一些地方和部门的部分津贴补贴纳入基本工资，适当提高基本工资占工资收入的比重，优化公务员工资收入结构。另一方面，对津贴补贴进行规范，合理确定水平，科学规范项目，分类分步调控，严格监督管理，为规范公务员和事业单位工作人员工资收分配秩序奠定基础。
二是简化基本工资结构，增强工资的激励功能。将公务员现行基本工资结构由职务工资、级别工资、基础工资、工龄工资四项构成简化为职务工资、级别工资两项构成，同时，合理设计工资标准，既保证低职务人员适当的工资标准，又适当加大不同职务、级别的工资差距。职务工资主要体现公务员的工作职责大小，一个职务对应一个工资标准，为体现岗位职责的差别，领导职务和非领导职务对应不同的职务工资标准。级别工资主要体现公务员的资历、职务和工作实绩，每一级别设若干个工资档次，公务员根据所任职务、德才表现、工作实绩和资历确定级别和级别工资档次。解决原来切块偏多、功能重叠的矛盾，更好地发挥各部分的作用。适当拉开不同职务级别之间的工资差距，进一步理顺工资关系，更好地体现公务员的职责和贡献大小。
三是适当向基层倾斜。我国公务员绝大部分在县以下基层单位工作和担任科级以下职位，为了鼓励广大基层公务员安心本职工作缓解都去挤职务这个“独木桥”的矛盾，公务员职级工资制改革方案中采取了相应的倾斜措施。主要包括:适当加大不同职务对应级别的交叉幅度，将公务员对应的级别数由现行15个增加到27个，各职务对应的级别数相应增加，科员、办事员从现在对应的6个级别增加到对应9个级别，副科级从现在对应的5个级别增加到对应8个级别，给低职务公务员提供了充分的级别晋升空间。加大级别工资的比重，使晋升级别对提高工资发挥更大的作用。实行级别与工资等待遇挂钩，使公务员不晋升职务也能提高待遇。这样既缓解了因职数限制而晋升职务难的问题，又体现了坚持条件，解决的面更为合理适度。
四是完善正常增资办法，实现工资调整的制度化、规范化。结合公务员基本工资结构的调整，相应调整公务员正常晋升工资的办法。公务员晋升了职务，相应提高职务工资和级别工资；累计两年和五年年度考核合格，可以晋升一个工资档次和级别工资等级。按照公务员法规定，要建立工资调查制度，定期进行公务员工资水平的调查比较，为调整公务员工资标准提供科学依据。今后，国家将根据工资调查比较的结果，结合国民经济发展、财政状况、物价水平等情况，适时调整工资标准。
在改革公务员职级工资制度的同时，相应完善机关工人工资制度。技术工人现在实行岗位技术等级工资制，基本工资由现行技术等级（职务）工资、岗位工资、奖金三项构成。由于奖金没有发挥应有作用，这次适当调整机关工人的级别工资结构，取消奖金，简化为技术等级（职务）工资和岗位工资两项构成。技术等级（职务）工资根据技术水平高低确定，一个技术等级（职务）对应一个工资标准。岗位工资根据工作难易程度和工作质量确定，按初级工、中级工、高级工三个技术等级和技师、高级技师两个技术职务设置，分别设若干工资档次。普通工人级别工资由现行岗位工资，奖金两项构成简化为岗位工资一项构成。同时，相应制定了机关工人从现行工资制度过渡到新工资制度的套改办法。
（2）关于事业单位岗位绩效工资制度改革
针对事业单位现行工资制度岗位因素体现不足、简单与机关对应、收入分配政策不完善、调控机制不健全等突出矛盾和问题，次事业单位的收入分配制度改革是为了适应深化事业单位改革的需要，逐步建立起宏观上注重公平，微观上体现激励，关系合理、秩序规范的岗位绩效工资制度。改革的主要特点有以下五个方面。
一是与深化事业单位体制改革相适应。事业单位收入分配制度改革是事业单位整体改革的重要组成部分，与事业单位分类管理、人事制度、财务制度、养老保险制度等改革密切相关。这次事业单位收入分配制度改革，在内容和方法步骤上，都充分考虑了相关配套改革的要求和进程，既有利于深化收入分配制度改革，也有利于推动事业单位其他各项改革。
二是建立体现事业单位特点的收入分配制度。事业单位在功能性质、资源配置、管理方式、用人机制等方面都不同于机关，收入分配制度改革必须体现自身的特点，进一步实现与公务员工资制度脱钩。新的岗位绩效工资制度，在制度模式上，突出岗位、绩效的激励功能，工作人员的收入与其岗位职责、工作业绩和实际贡献相联系，事业单位的总体收入水平与单位完成社会公益目标任务及考核情况相联系，充分调动工作人员的积极性，促进事业单位不断提高公益服务水平。在运行机制上，适应事业单位聘用制和聘期管理的需要，工作人员按考核结果实行每年增加一级薪级工资。岗位绩效工资包括岗位工资、薪级工资、绩效工资和津贴补贴四部分，其中岗位工资和薪级工资为基本工资。
岗位工资主要体现工作人员所聘岗位的职责和要求，是基本工资的主体部分。与事业单位聘用制度改革和岗位管理相适应，根据各岗位的特点，在现行各职务序列基础上，分别对专业技术岗位、管理岗位、工勤技能岗位设置不同的岗位等级，对同一层级专业技术岗位进行适当细分，以体现不同岗位等级之间的差别，实行“一岗一薪，岗变薪变”。为使事业单位工作人员能根据本人岗位执行相应的工资，做到“对号入座”。
薪级工资主要体现工作人员的工作表现和资历，实行“一级一薪，定期升级”。根据实际运行需要，对专业技术人员和管理人员设置65个薪级，对工人设置40个薪级，对不同岗位规定不同的起点薪级，每年考核合格，可升一个薪级工资。基本工资中增设体观资历因素的部分，是应近年来事业单位工作人员的普遍要求而设置的，薪级工资的设置，就是有利于工作人员经考核随工作年限的延长而增加工资，鼓励大家做好本职工作。
绩效工资是事业单位收入分配中活的部分主要体现工作人员工作业绩和实际贡献。在基本工资外设置绩效工资，有利于进一步加大事业单位搞活内部分配的力度，增强工资的激励功能。国家对绩效工资进行总量调控，事业单位在核定的绩效工资总量内享有分配自主权，使绩效工资与工作人员表现、业绩相联系，合理拉开差距调动大家的积极性。同时，将绩效工资总量与单位完成社会公益目标任务及考核情况相联系，促进事业单位不断提高公益服务的能力和水平，避免片面追求经济效益，忽视社会效益
三是完善工资正常调整机制。事业单位在收入分配制度改革的基础上，逐步建立适应事业单位整体改革要求的工资正常调整机制在运行机制上体现了事业单位的特点；建立基本工资标准和贴补贴标准的动态调整机制，使事业单位工作人员收入水平与国民经济社会发展相协调。
四是完善高层次人才的分配激励约束机制完善高层次人才收入分配激励机制，是贯彻中央人才工作会议精神，体现尊重知识、尊重人才，鼓励创新创造，增强自主创新能力，进一步加大对高层次人才的倾斜力度，使知识技术、管理等生产要素参与分配的一项重要措施。通过进一步完善各项激励措施，在继续执行政府特殊津贴的同时，采取一次性奖励、建立特殊津贴、建立重要人才国家投保制度等措施，对部分急需人才实行协议工资、项目工资等灵活多样的分配办法，实现一流人才、一流业绩流报酬，充分调动高层次人才的积极性、主动性和创造性。
五是建立分级管理体制，健全收入分配宏观调控机制。为适应社会主义市场经济体制和分级管理财政体制的要求，这次改革要进一步明确中央地方和部门的管理权限，分级管理、分级调控，完善收入分配调控政策，加强工资收入支付管理，进一步理顺分配关系，规范分配秩序，充分发挥地方和部门在调控管理和监督检查等方面的作用，逐步形成统分结合、权责清晰、运转协调、监督有力的宏观调控体系。
（3）完善津贴补贴制度
津贴补贴是补偿职工在特殊工作环境下的劳动消耗，或特定条件下工作生活的额外支出。
公务员和事业单位津贴现在主要有两类:一类是地区性的，另一类是岗位性的。
完善地区津贴制度，包括完善艰苦边远地区津贴和实施地区附加津贴制度，这是调控地区工资差距的重要措施。
艰苦边远地区津贴主要反映不同地区自然地理环境社会发展等方面的差异，是扶持艰苦边远地区提高工资水平的主要措施。这项制度自2001年开始实施，目前共有15个省区市的719个县市区列入实施范围，实施情况总的比较稳定，但也存在范围、类别划分不尽合理等问题。这次完善艰苦边远地区津贴制度，主要有4个方面措施:一是建立科学合理的实施范围和类别评估指标体系。通过委托科研机构进行课题研究，选取自然地理环境和人文社会发展两个方面共7个指标，同时考虑国家安全等政策性因素，评价一个地区的艰苦边远程度，作为确定范围和类别的基本依据。二是适当扩大实施范围，增加类别。在现有范围的基础上增加了200多个县市区，将符合条件的地区纳人实施范围；将类别由现行4类调整为6类，合理体现不同地区艰苦边远程度的差别。三是适当提高津贴标准。扶持艰苦边远地区提高工资水平，缓解不同地区之间差距过大的矛盾。四是建立动态调整机制。根据各地自然地理环境和社会发展等情况的变化，定期对实施范围和类别进行评估调整，根据国家经济发展、财政状况及调控地区工资差距的需要，适时调整津贴标准，逐步建立规范化、制度化的管理方法。
地区附加津贴主要反映地区间经济发展水平和物价消费水平的差异，国家对地区附加津贴实行分级管理，对各地的地区附加津贴水平进行调控。由于多方面的原因，这项制度目前尚未实施。考虑到建立地区附加津贴制度体系，是一项十分复杂的工作，需要研究和理顺多种利益关系与因素。为稳妥起见，先在清理津贴补贴的基础上对津贴补贴进行规范，经过一段时间的实践，总结经验，再提出实施地区附加津贴制度的具体意见。
岗位津贴是国家对在特殊岗位工作的人员给予的倾斜政策。国家对岗位津贴实行统一管理，除国务院和国务院授权的人事部财政部外，任何地区、部门和单位不得自行建立岗位津贴项目或调整岗位津贴实施范围和标准。